Протестантское движение временами сопровождалось грабежами толпы, захватом земель, политическими и военными изломами. Армия Вильгельма Оранского помогла голландским протестантам, флот и армия королевы Елизаветы Английской оказали содействие шотландским протестантам. Войска герцогов Альбы (Фернандо Альварес де Толедо герцог Альба (1507–1582), испанский полководец и государственный деятель. В 1567 году был назначен наместником Нидерландов. Сурово расправлялся с мятежниками. Несмотря на успешные военные действия, в том числе против Вильгельма Оранского, не смог подавить революцию и в 1573 году был отозван испанским королем Филиппом II. В 1580 году завоевал Португалию, навязав ей унию с Испанией (до 1640). —
Протестанты собирали своих людей и создавали конгрегации, защищаясь от систематических и кровавых преследований. Далеко не всегда последователей Лютера или Кальвина считали еретиками и наказывали костром.
Политика сожжения лютеран и кальвинистов вскоре превратилась в необходимость в католических немецких государствах. К сожалению, их успешно сжигали в Италии и в Испании, а именно эти страны определяли отношение католиков к Реформации. В Англии в правление Марии Тюдор, во Франции и в Нидерландах, в меньшей степени в Шотландии протестантские сообщества создавались благодаря личной смелости и искренней вере.
Происходившее воспринималось как нечто естественное. Франциск Юниус произносил проповедь на собрании в Антверпене, когда снаружи сжигали нескольких человек, и пламя костров было хорошо видно через окна комнаты. Несколько ведущих реформистских пасторов в Европе, как и пять английских епископов, закончили свои жизни на костре у столба. За ними последовало множество простых людей.
Реформистские богословы сомневались в старом обычае празднования календаря святых, поскольку считали, что уважение, оказываемое святым, умаляет веру в единственного Спасителя. Тем не менее протестантские авторы начали достаточно рано собирать исторические материалы и рассказы о казнях у столба и на эшафоте. В самой ранней части «Истории Реформации в Шотландии», написанной Джоном Кохом, встречаются многочисленные описания мученичества.
Ряд подобных историй напечатали и голландские авторы. Самой известной и распространенной стала «Книга мучеников» Жана Креспена, французского адвоката, бежавшего в Страсбург и затем в Женеву, собравшего яркие и трогательные истории гугенотских жертв.
Первоначально книга под тем же заглавием была написана англичанином Джоном Фоксом, бежавшим во время правления королевы Марии и создавшим свою «Книгу мучеников» в Базеле между 1556 и 1559 годами. Его работа, написанная под влиянием Креспена, в поздних изданиях стала известна как «Акты и памятники». Однако собственный талант Фокса и особая манера повествования сделали ее ценной и великой книгой.
Как Креспен, так и Фокс включали описания смертей людей, принадлежность которых к Реформации сомнительна. Фокс описывает по крайней мере двух человек, которые вовсе не умерли. Несмотря на то что каждый подобный промах критиковали современники, такие книги содержат материал, до сих пор недоступный историкам. А в то время эти книги были источниками силы и веры в протестантских сообществах, к членам которых они обращались.
В Англии синод 1571 года распорядился, чтобы экземпляры книги Фокса поместили во всех соборах, многие приходские церкви последовали их примеру, несколько книг до сих пор встречаются в английских церквах. Среди гугенотов и английских пуритан эти мартирологи усилили связь с Реформацией и поощрили сильное антиримское понимание церковной истории.
«Пуританский» как прилагательное впервые стало использоваться в 50–60-х годах XVI века для обозначения злоупотреблений. Вскоре оно стало означать «точно установленный, сверхстрогий, слишком суровый, не идущий на компромисс». В таком значении это определение применялось, чтобы высмеивать тех, кто оказывался виновным в нелепой сдержанности или взыскательности.
Сохранились многочисленные свидетельства, что пуританство проявляло себя жестким образом. Придворные Карла II, ненавидя круглоголовых, проявляли по отношению к пуританам лишь незначительную суровость и строгость. В Реформацию все было иначе, поскольку пуритане стремились излечивать безнравственность церкви и общества. В целом этот век проявил себя как моральный.