Редкие ластоногие - капские морские котики известны тем, что часто оказываются в руслах рек Муррей и Дарлинг во время приливов и отливов. Иногда, когда вода спадает, эти животные вынуждены оставаться в пресной воде, попав в своего рода природные ловушки. Описаны десятки таких случаев: в частности, было убито множество тюленей в водах к северу от Канберры, откуда приходило немало сообщений о предполагаемых наблюдениях буньипов. В своей статье 1933 года Чарльз Феннер привел примеры тюленей, обнаруженных далеко в глубинах страны, например, в Бамбере, Локстоне и Конарго, и напомнил читателям, что «гладкий мех, похожие на абрикосы глаза и крик, подобный рёву, характерны для тюленей». В «числе подозреваемых» находятся также австралийские морские львы и морские слоны.
Имеется также и весьма тривиальное объяснение предполагаемой тайны буньипа: неизвестным водным животным во многих случаях оказывалась обыкновенная плывущая собака.
И хотя каких-либо безусловно заслуживающих доверия физических доказательств существования буньипов пока нет, часть криптозоологов предполагает, что рассказы об этих существах возникли не на пустом месте. Их теория заключается в том, что буньип может быть своего рода «генетической памятью» о вымерших австралийских сумчатых, таких как дипротодон или палорхест, которые исчезли с лица Земли около 40 тысяч лет назад. Эта теория была впервые официально озвучена доктором Джорджем Беннетом из Австралийского музея в 1871 году, но в начале 1990-х годов палеонтолог Пэт Викерс-Рич и геолог Нил Арчболд также осторожно предположили, что легенды аборигенов, «возможно, было обусловлены знакомством с доисторическими костями или даже живыми доисторическими животными... Столкнувшись с останками некоторых из ныне вымерших австралийских сумчатых, аборигены часто идентифицировали их как буньипов».
Другим «кандидатом» для объяснения этой загадки может быть исчезнувший прокоптодон, своего рода гигантский ископаемый кенгуру. Это животное имело округлую морду, а его лапы были в состоянии подняться выше головы. Такие животные могли быть приняты - особенно после наступления темноты или на рассвете - за двуногих животных или даже гуманоидов. С каждым из них очень далекие предки современных австралийцев теоретически могли жить в одно и то же время. Но нельзя не признать, что ни одно из этих животных не вело полуводного образа жизни, который приписывают буньипу.