Назначив Nextech ответственной за разработку Resident Evil CODE: Veronica, исполнительный продюсер Ёсики Окамото попросил всех ведущих специалистов Capcom примкнуть к сторонней команде. Синдзи Миками контролировал процесс разработки как продюсер, в то время как Flagship и Нобору Сугимура отвечали за подготовку сюжета – то, чем Нобору занимался еще до завершения работы над Resident Evil 2. Несмотря на то что роль героини первого трейлера Resident Evil CODE: Veronica отдали Клэр Редфилд, Сугимура изначально планировал сделать главным действующим лицом Джилл Валентайн. Однако этим планам не было суждено сбыться, поскольку Хидэки Камия без разрешения Сугимуры изменил в Resident Evil 2 финальную фразу Клэр, намекая на то, что девушка собирается продолжать поиски Криса, своего брата. Таким образом, фанаты уже ждали развития истории после этого клиффхэнгера. Желая избежать дыр в сюжете, Сугимура заменил главную героиню: Джилл уступила место Клэр. По воспоминаниям Камии, Сугимура кричал на него за то, что тот поступил безответственно, но в итоге оказалось, что решение Хидэки подарило Джилл возможность стать героиней Resident Evil 3: Nemesis.
Resident Evil CODE: Veronica разрабатывали сторонними силами, при этом игра должна была оставаться важной частью серии. Проекту требовался руководитель, способный поддерживать высокие стандарты качества франшизы. Выбор Миками пал на Хироки Като, который участвовал в создании Resident Evil в качестве системного планировщика. Като был родом из префектуры Оита, что в южной Японии, и с раннего детства интересовался настольными и компьютерными играми. «Мне нравилось не только играть в игры, но и создавать их. Я придумал несколько собственных настольных игр с набором правил, которые игроки должны были соблюдать. Жизнеспособность этих правил проверялась во время игр с друзьями», – вспоминает Като. Окончив университет, Като решил, что его привлекает карьера разработчика видеоигр, и в 1994 году устроился на работу в Capcom. Как и в случае Камии с Аоямой, до работы над первой Resident Evil Като прошел профессиональное обучение и помогал контролировать качество разнообразных тайтлов студии. В роли дизайнера Като проектировал уровни в саду и подземных тоннелях. После этого Като принимал участие в создании порта Resident Evil для Saturn, за которым последовала работа над портом Resident Evil 2 для той же консоли, продолжавшаяся вплоть до отмены проекта. Во время работы над оригинальной Resident Evil для PlayStation Миками обратил внимание на то, насколько Като был сосредоточен на правилах и логике игры. Осознавая всю значимость Resident Evil CODE: Veronica для Capcom в новом поколении консолей, Миками решил, что Като сможет использовать свои навыки для реализации интересных и убедительных игровых задумок.
Пока Capcom занималась финансированием и контролем качества Resident Evil CODE: Veronica, а Nextech разрабатывала игру, Като разрывался между старой штаб-квартирой в Осаке и новой – в Токио. Участие в разработке Resident Evil несколькими годами ранее далось Като нелегко: приходилось много перерабатывать, поэтому он волей-неволей сравнивал соотношение между работой и личной жизнью в Capcom и Nextech. «В Capcom регулярно задерживались на работе допоздна, чтобы успеть закончить дела в установленный срок. Частенько вечером уехать домой не выходило в принципе. Но так как Nextech была для Capcom сторонней компанией, принятые у них распорядки также отличались. Nextech более плотно придерживалась законов о наемном труде и приветствовала уход с работы вовремя». И хотя во время разработки Resident Evil CODE: Veronica Като практически не бывал дома, он признается, что по сравнению с первой частью работа над новой игрой проходила менее напряженно, несмотря на то что на нем как на гейм-директоре лежал больший груз ответственности. На вопросы о том, почему Миками назначил его на эту должность, Като самокритично отшучивается: «Думаю, так вышло потому, что все меня ненавидели! Игру отдали на аутсорс, чтобы я появлялся в офисе Capcom не так часто!» На самом деле все было с точностью до наоборот. «Мне кажется, что из нас троих – меня, Камии и Като – Мика-ми отдавал предпочтение именно Като», – заявляет Аояма.
События Resident Evil CODE: Veronica должны были развиваться сразу после концовки Resident Evil 2, а главными действующими лицами предстояло стать Клэр и Крису Редфилдам, поэтому Като решил использовать уже известную «Систему взаимодополнения», взглянув, однако, на нее новым взглядом. Като хотел, чтобы в Resident Evil CODE: Veronica «Система взаимодополнения» работала в хронологическом порядке, а истории персонажей следовали друг за другом, а не происходили одновременно.