Сюжет Resident Evil CODE: Veronica начинается с того места, на котором закончилась Resident Evil 2. Спустя три месяца после зачистки Раккун-Сити Клэр продолжает поиски Криса, но попадает в ловушку и отправляется в тюрьму на остров Рокфорт. Остров вскоре становится целью бомбардировки, которой руководят неизвестные силы, что приводит к заражению территории Т-вирусом и нашествию зомби. Клэр встречает Стива Бернсайда – персонажа, похожего на Леонардо Ди Каприо. Его держат в той же самой тюрьме, что и Клэр. Парочка планирует побег из лап работающих на корпорацию «Амбрелла» психопатичного директора базы Альфреда Эшфорда и его сестры-близнеца Алексии. Вскоре действие переносится на базу «Амбреллы» в Антарктике. Прибывший на место Крис обнаруживает созданное Алексией новое биологическое оружие: вирус Т-Вероника. Вдобавок оказывается, что Альберт Вескер пережил события первой части и обрел сверхчеловеческую силу. Именно Вескер стоял за атакой на Рофорт, он хочет заполучить вирус Т-Вероника, но не может упустить возможность отомстить Крису за вмешательство в события «Инцидента в особняке» (внутриигровое название событий, произошедших в ходе первой игры). История превращается в противостояние трех сторон: в первом углу – троица Крис, Клэр и Стив, во втором – Эшфорд, в третьем – Вескер. По мере развития сюжета Редфилды наконец объединяются и одерживают победу над Эш-фордами, при этом Стив умирает от вируса Т-Вероника. Таким образом, впервые в серии гибнет один из протагонистов.
Значение и важность подзаголовка раскрывается в самом конце игры: «Вероника» – это имя самого старого из известных предков Эшфордов, тезки вируса Т-Вероника, а также финальный код доступа к механизму самоуничтожения на базе в Антарктике.
Игра заканчивается кат-сценой, в которой Клэр и Крис улетают с антарктической базы «Амбреллы» за мгновение до того, как та взрывается. Крис с непоколебимой уверенностью говорит, что они «должны разобраться с “Амбреллой” раз и навсегда». Годами эта концовка толковалась игроками в том смысле, что следующая игра станет масштабным сражением с корпорацией «Амбрелла».
За сверкающей новой картинкой и качественной музыкой пряталось самое прорывное достижение Resident Evil CODE: Veronica относительно предыдущих частей: сюжет игры. В основе Resident Evil и Resident Evil 3: Nemesis лежали незамысловатые самостоятельные истории с четко обозначенным началом и концом. Однако присоединившийся к команде разработки Resident Evil 2 Сугимура раздвинул рамки франшизы, внедрив в сюжет классические литературные темы, при этом не перегружая сценарий. Resident Evil CODE: Veronica использовала тот же подход, но при этом еще сильнее двигалась в сторону усложненного сюжета с возросшим уровнем драмы. Такое решение стало возможным благодаря увеличенному хронометражу игры, расширенному бюджету, а также общей тенденции к усложнению сюжетов в видеоигровой индустрии. Хотя Resident Evil 2 уже превзошла в этом отношении первую часть серии, такие игры, как Final Fantasy VII или Metal Gear Solid от Konami, разработкой которой руководил самый продуктивный в игровой индустрии автор Хидео Кодзима, еще сильнее расширили привычные границы сюжетов видеоигр. Эти проекты доказали, что кат-сцены и диалоги могут быть более продолжительными, осмысленными и проработанными. Чтобы поддерживать статус кинематографичной серии, новые части Resident Evil должны были не отставать от конкурентов. Создавая сюжет для Resident Evil CODE: Veronica, Сугимура не только старался превзойти свою предыдущую работу, но и стремился соответствовать возросшим стандартам индустрии в целом.
Одним из лейтмотивов сценариев Сугимуры стала значимость семьи. Resident Evil 2 начала развивать эту идею с помощью Биркинов и Редфилдов, но по части раскрытия темы вторая часть не шла ни в какое сравнение с Resident Evil CODE: Veronica. В игре нашлось место как минимум трем семейным линиям: одна концентрируется на Клэр и Крисе, вторая – на близнецах Альфреде и Алексии и их отце Александре Эшфорде, третья же – это отношения Стива Бернсайда и его неназванного отца. Редфилдам удается вновь обрести друг друга, тогда как история Эшфордов более запутана и необычна. Алексия решает вколоть себе вирус Т-Вероника после того, как выясняется, что ее отец не подходит в качестве подопытного. Альфред, испытывая сильную привязанность к сестре, болезненно переживает из-за того, что после инфицирования Алексии пришлось погрузиться в криогенный сон, чтобы вирус начал действовать. От одиночества брат срывается в пучину безумия, с которым он пытается бороться, переодеваясь в женскую одежду и выдавая себя за сестру. Такой ход явно черпает вдохновение из классического триллера «Психо» Альфреда Хичкока.