Больше возможностей выдвинуться было у Богдана Яковлевича Бельского. Он был одним из самых близких людей Ивана Грозного, его «неотходным хранителем». Царь поручал ему конфиденциальные дела, например, касающиеся переговоров о возможном бракосочетании царя с Мэри Гастингс, племянницей английской королевы. Иван Васильевич был набожен, но при этом верил в чародейство и волшебство, проявлял интерес к мнениям колдунов, астрологов, гадалок. Всеми этими «специалистами оккультной магии» ведал как раз Бельский. Отменив опричнину, царь сохранил «двор». Так именовался охранный корпус, нечто наподобие придворной гвардии или преторианцев в Римской империи. Этой дворовой охраной командовал тоже Богдан Яковлевич.
Первым шагом Бельского стала попытка возродить опричнину, чтобы усилить свои полномочия. Возникли волнения, его противники вооружились, стали штурмовать Кремль. В ходе перестрелки около 20 человек погибло. Царь Федор Иоаннович не стал поддерживать Богдана Бельского, восставшим было объявлено о его ссылке. Волнения улеглись.
Место Богдана Бельского в опекунском совете занял Борис Годунов, шурин нового царя. Для него очень важна была устойчивость трона, потому что это означало благополучие родной сестры, царицы Ирины, и его собственное преуспеяние. До этого времени многие из бояр превосходили Годунова своей властью, а сейчас он начал выдвигаться вперед.
Одним из первых шагов явилось удаление из Москвы двухлетнего сына Ивана Грозного от последнего брака. Хоть этот брак по церковным канонам и считался незаконным, но все-таки в нем был рожден царский сын. Как элита Московского государства, так и простой народ не могли не задавать себе вопрос, кого из двух сыновей предпочтительнее видеть на троне. Царевича Дмитрия вместе с матерью, Марией Федоровной Нагой, и другими родственниками сослали в Углич.
Следующим шагом Годунова было удаление главы опекунского совета Ивана Федоровича Мстиславского. Тот еще с детского возраста был близок к Ивану Грозному, участвовал в развлечениях и забавах юного царя. Годунову удалось добиться в 1585 году пострижения боярина и отправки того в Кирилло-Белозерский монастырь. В следующем году Мстиславский скончался.
Другие бояре не собирались спокойно наблюдать за усилением Бориса Федоровича Годунова. Составился заговор, во главе которого были князья Шуйские. На свою сторону они привлекли высшее духовенство, включая митрополита Дионисия. Слабым местом заговорщики сочли отсутствие детей у царской четы. Было решено обвинить царицу, сестру Бориса Годунова, в бесплодии. На имя царя Федора Иоанновича было составлено почтительное прошение, чтобы тот «чадородия ради второй брак принял, а первую свою царицу отпустил во иноческий чин».
Обычно слабовольный царь неожиданно воспротивился, чтобы его жена постриглась в монахини. Он не хотел с ней расставаться, а другие женщины его не интересовали. Годунов расправился с участниками заговора, но достаточно мягко. Широких казней не было, кроме нескольких вельмож, которых опасался Борис, все остались живы. Некоторых выслали из Москвы, некоторых постригли в монахи. Сильнее всех пострадал митрополит. Его лишили сана митрополита и отправили в Хутынский монастырь. Новым митрополитом стал Иов, поддерживающий Бориса Федоровича.
Так, без особых репрессий по отношению к противникам, избежав волнений в государстве, боярин Борис Федорович Годунов стал полновластным правителем при царе. Он энергично взялся за устроение государственной жизни.
Самым важным было завершить войну с Речью Посполитой. Одним из первых жестов московского правительства стало возвращение домой пленных, при этом их еще и щедро наградили. Предпринимались меры по нормализации отношений с другими странами. В 1585 году в Москву прибыл посол из Франции. Более чем за 500 лет это было первое французское посольство на Русь с тех пор, как из Франции к Ярославу Мудрому прибыли в Киев сватать его дочь за короля Франции. В декабре 1586 года было заключено перемирие со Швецией на четыре года.
Разорение страны в связи с затяжной Ливонской войной, усиление закрепощения крестьян и их эксплуатации, присоединение новых малоосвоенных земель привели к оттоку населения из центральных областей на окраины. В результате массового переселения стало возникать казачество на Дону, Волге, Яике. Казаки были полезны московскому правительству как защита против набегов крымских татар. И ногайские татары тоже не всегда были спокойны. Однако казаки охотно грабили купцов на торговых путях, которыми являлись и Волга, и Дон. Собираясь крупными отрядами, совершали разбойные набеги в Персию и Турцию. А это приводило к осложнениям в отношениях с этими странами.
В результате сложных и длительных переговоров в 1594 году был заключен договор с персидским шахом Аббасом.