Бояре, несмотря на решение Земского собора, избравшего Бориса, считали его выскочкой: «вчерашний раб, татарин, зять Малюты, зять палача и сам в душе палач... родом он не знатен». В этой характеристике А.С. Пушкина многое преувеличено, но бояре вполне могли именно так и думать и, исходя из этого, действовать. Борис страшился заговоров против себя. Возникли следственные дела по подозрению в измене, ссылки, заключения в тюрьму, конфискации имущества. Пышным цветом расцвело доносительство. Земский избранник, венчанный на царство с благословения вдовы последнего Рюриковича, превратился в «мелкодушного полицейского труса». «Тяжело стало жить людям: соберутся ли в гости или на улице сойдутся между собою ― сейчас подозрение, лихие люди доносят; оговоренных пытают и мучат...» Такая картина долго еще будет узнаваемой в российском обществе. Бориса во всем преследовали неудачи. Расстроился даже брак его дочери Ксении с датским принцем Христианом, заболевшим и умершим в Москве. Недолгая популярность Бориса в народе быстро сменилась всеобщей нелюбовью. «Не было подозрения и нарекания, которого народная молва не была бы готова повесить на его имя» ― он и Дмитрия в Угличе убил и Девлет-Гирея на Москву навел.
Надо сказать, что не только народная молва считала Годунова виновником смерти царевича Дмитрия. За дипломатическими высказываниями историков о неясности обстоятельств смерти страдающего эпилептическими припадками Дмитрия чаще скрывается их убежденность в причастности Бориса Годунова. Вместе с тем вряд ли Годунов, состоя в это время правителем при царе Федоре, опасался до такой степени провозглашения царем Дмитрия. Он был сыном седьмой жены Ивана Грозного и по этой причине официально считался незаконнорожденным. Сам Годунов венчался на царство лишь через 7 лет после смерти царевича, когда умер царь Федор. Да и в смерти Федора Годунов не был, пожалуй, так уж заинтересован. Женатый на его сестре царь по своему слабоумию ни во что не вмешивался, предоставляя Борису полную свободу действий и неограниченную власть. Есть не менее, а скорее более правдоподобная версия, что убийство 9-летнего ребенка 15 мая 1591 года организовал князь Василий Шуйский. В случае полной реализации своих планов он смог бы скомпрометировать и отстранить от власти Годунова и избавиться от претендента на трон в лице сына Ивана Грозного. Эти планы не осуществились в полном объеме, но тонкий расчет позволил ему очернить Годунова, а в дальнейшем занять царский престол (правда, на короткое время).
Среди причин дальнейших событий можно назвать отношение к Борису Годунову в народе. Перед Иваном Грозным трепетали, считая его суровым и справедливым царем. Его сына, Федора Блаженного, жалели и уважали за мягкосердечие, незлобивость и приверженность к Богу. Бориса Годунова не боялись и не любили. Трехлетний голод и начавшаяся гражданская война привели к тому, что наступил кризис царской власти.
В имении польского магната Константина Острожского в 1602 году объявился Лжедмитрий. Страна заволновалась. В возрасте 54 лет 13 апреля 1605 года скончался царь Борис. 16-летний сын Бориса, возведенный на престол, не смог управлять положением. В результате переворота, спровоцированного чтением боярином Гаврилой Пушкиным с Лобного места обращения самозванца к москвичам, он был 1 июня 1605 года взят под стражу. Несчастный подросток ― царь Федор Борисович ― через две недели после переворота, 10 июня 1605 года, был задушен вместе со своей матерью, вдовой Годунова. Его сестру Ксению ждала участь наложницы нового «царя». 20 июня самозванец вошел в Москву занять освобожденный для него престол. «Чудом спасшегося» сына Ивана Грозного «узнали» и его мать, Мария, увидевшая его в день венчания на царство 18 июля, и князь Василий Шуйский. Впрочем, несмотря на это, князь Шуйский едва избежал казни. Указ о помиловании был оглашен, когда Шуйский уже стоял у плахи. Не склонившийся перед новоявленным царем патриарх Иов был заточен в Успенский монастырь в Старице.