В тот же день, 13 июля, армия федералистов (состоявшая в большинстве своем из республиканцев) под командованием генерала Вимпфена потерпела поражение от республиканских войск. А вечером 13 июля мартиролог революции пополнился еще одним мучеником: от кинжала юной Шарлотты Корде погиб Друг народа Марат. Мадемуазель Корде прибыла в Париж из Кана, а потому якобинцы немедленно заявили, что совершить преступление ее послали жирондистские заговорщики. Снова всколыхнулась ненависть к партии Жиронды; вспомнили, что 22 главаря все еще ожидают в тюрьме своей участи, а 75 «подписантов», мелкой жирондистской сошки, и вовсе находятся на свободе. Так что когда мадемуазель Корде заявила, что «убила одного человека, чтобы спасти сто тысяч», ей не поверили. «Над нами занесен убийственный кинжал!» — восклицали монтаньяры в Конвенте. В то время, кажется, никто не заметил, что Шарлотта Корде буквально осуществила постулат Марата, требовавшего отсечь 500 голов ради спасения пятисот тысяч. Корде отправили на гильотину.
Смерть Марата пробудила скорбь и гнев санкюлотов. В Клубе кордельеров установили агатовую урну с сердцем Марата. Чтобы почтить память Друга народа, устраивали процессии и театральные действа. Художник Давид «писал сердцем» картину «Смерть Марата». Народ требовал поместить тело Марата в пантеон. Против выступил Робеспьер, мотивируя это тем, что сейчас не время показывать народу «зрелище торжественных похорон», ибо при созерцании «похоронной церемонии» «желание отомстить потухает». Сам же Робеспьер наверняка не смог сдержать вздох облегчения: Провидение само устранило с его пути опасного конкурента, ведь для парижского плебса Марат всегда являлся большим авторитетом, нежели он сам. Даже когда после революции 10 августа Марат все чаще поддерживал Неподкупного и его сторонников. Наследниками дела Друга народа объявили себя «бешеные» и все теснее смыкавшийся с ними Эбер, которому Робеспьер не доверял точно так же, как Марату. Выступая у якобинцев, Неподкупный вопрошал: «А кто покоится в пантеоне? Кроме Лепелетье я не вижу там ни одного добродетельного человека. Не положат же его рядом с Мирабо? С этим интриганом, методы действий которого всегда были преступными; с этим человеком, заслужившим репутацию разве только путем большого коварства. Таковы почести, которых добиваются для Друга народа». В ответ друг Марата Бентаболь воскликнул: «Да, и которые он получит, вопреки завистникам!»
После смерти Друг народа стал поистине культовой фигурой революции; бюстик Марата в доме считался чем-то вроде оберега, дабы не сочли «подозрительным». Возможно, поэтому Робеспьер, остро завидовавший посмертной славе Марата, речь на его похоронах начал с себя: «Я бы даже не попросил слова... если бы не предвидел, что честь погибнуть от кинжала не была бы также уготована и мне, что первенство это предрешено было лишь случайно и что гибель моя приближается быстрыми шагами». А затем снова дал понять, что негоже Конвенту тратить «драгоценное время» на «смешные и бессмысленные фразы»: «Вас просят... обсудить вопрос о состоянии Марата. Какое значение имеет для Республики состояние одного из ее основателей?» После провозглашения республики Неподкупный нередко упрекал депутатов в том, что они «распространяются о незначительных и бесцельных вещах».
16 июля, в день похорон Марата, из Лиона пришло известие о гибели вождя тамошних якобинцев крайне левого толка Шалье; Шалье объявили третьим мучеником свободы. Убийство Марата и Шалье всколыхнуло ярость санкюлотов по всей стране, революционные комитеты требовали суровых кар для врагов революции. По докладу Барера Конвент принял решение, согласно которому город Лион должен быть разрушен, а название его вычеркнуто из списка городов Республики. «Собрание сохранившихся домов будет носить название Освобожденного города (Ville affranchie)». Подавляя антиправительственные мятежи, командующие войсками и народные представители, присылаемые Конвентом для поддержания боевого духа армии, жестоко расправлялись с «заговорщиками», жителями «недостойных» городов. «Пособники тирании» расплачивались потоками собственной крови. Когда после двухмесячной осады республиканские войска вступили в Лион, они без промедления приступили к декретированному Конвентом разрушению города. Комиссары Колло д’Эрбуа и Фуше расстреливали жителей Лиона картечью, добивали лопатами, сбрасывали в реку. За три месяца к смерти приговорили 1665 человек. «Каждый день меч закона опускается на головы трех десятков заговорщиков Освобожденного города», — писал в донесении Конвенту Колло д’Эрбуа.