Пространство романа МиМ многолико и изменчиво: в нем можно выделить макропространство, отсылающее к космогоническим теориям, и микропространство отдельных сцен. При конструировании пространства, как и во всем романе в целом, Булгаков использует традиционные бинарные оппозиции (напр., верх и низ) и архетипические мотивы (напр., замкнутого круга) для создания «московского текста».
Действие романа разворачивается главным образом в Москве и Ершалаиме. Однако «география» МиМ захватывает и другие города. В ершалаимской линии названы Яффа, Вифлеем, Гамала, Виффагия и др. В московской большинство городов упомянуто в эпилоге — с целью показать широкое распространение слухов и вызванных ими репрессий. Города, где происходят аресты и задержания людей (и даже черного кота), — Саратов, Казань, Пенза, Белгород, Ярославль, Армавир. Часть городов в эпилоге упоминается в связи с передвижениями персонажей основной части романа — в Ростов получает назначение Степа Лиходеев; в Брянск переезжает Семплеяров; в Кисловодске отдыхает после всего пережитого Римский; из Вятки возвращается Алоизий; и, наконец, упомянута Феодосия, куда «направлялся» повествователь. Кроме, быть может, Феодосии, расположенной в 35 км от Коктебеля, где Булгаков был в гостях у М. Волошина в 1925 г., и, конечно, Саратова, связанного с первой женой писателя, Татьяной Лаппа, это по большей части города случайные: Вологда, где жил дядя Ивана Бездомного; Воронеж, куда Коровьев «услал» в отпуск домработницу Степы Лиходеева Груню; Харьков, откуда появилась любовница Сергея Дунчиля с деньгами и бриллиантами на подносике (во сне Никанора Босого).
В ранних вариантах охват пространства Советского Союза был более широким. Так, поначалу Степа Лиходеев оказывался заброшенным в Хабаровск (562-7-1-45 об.), который затем сменился Владикавказом. В отличие от большинства названных, Владикавказ — город в биографии Булгакова важнейший — просуществовал в тексте довольно долго, и, видимо, отказ от излишних автобиографических проекций и деталей, присутствовавших в ранних редакциях МиМ, сказался в замене Владикавказа Ялтой. Родной писателю Киев с его знаковыми пейзажами — Днепром и Владимирской горкой с памятником — и Ленинград с гостиницей «Астория», где не раз останавливался сам Булгаков, в романе лишь упомянуты.
Художественное пространство МиМ включает несколько миров: это, во-первых, «воображаемый Ершалаим», многочисленные детали в описании которого призваны компенсировать его призрачность и удаленность от читателя на две тысячи лет. Во-вторых, параллельная Ершалаиму современная Булгакову Москва, в которой сталкиваются минувшее и современность, реальный мир и самые фантастические происшествия. Московский мир обнаруживает признаки взаимопроникновения древнего и фантастического пластов — их объединяет попарно целый ряд признаков. Выше уже было сказано о совпадениях на стыке ершалаимских и московских глав, что может рассматриваться не только как переход из одного мира в другой, но и как их соотнесение. К подобным «диффузным» элементам относится и жара: она не только достаточно подробно оговаривается и в московской и в ершалаимской сюжетных линиях, но может рассматриваться и в мифопоэтическом контексте, как знак присутствия дьявола.
В то же время в реальной Москве существует некий скрытый, «эзотерический» мир, который представляет собой табу, так что его общеизвестное наименование — ГПУ — в романе ни разу не фигурирует. Атмосфера неопределенности и загадочности роднит московский мир с фантастическим. Вездесущесть сатаны со свитой перекликается с аналогичными качествами ГПУ. Не случайно оба ведомства несколько раз выступают как взаимозаменяемые (ср., например, эпизод первой встречи Маргариты с Азазелло в Александровском саду, когда героиня принимает Азазелло за сотрудника органов, намеренного арестовать ее, или одинаково безрезультатную стрельбу в «нехорошей» квартире и т. п.). Нечистая сила и сама склонна подчеркивать свое сходство с москвичами — вспомним иронический рассказ Коровьева о пятом измерении. Но не только квартира № 50 раздвигается во всех направлениях — Дом Грибоедова также вмещает несметное множество писателей: «не чрезмерная, человек в полтораста» (5, 56) очередь на получение творческих отпусков характеризуется на фоне длиннейшей очереди в дверь с надписью «Квартирный вопрос». Фантастическая вместимость небольшого особняка — один из признаков непредсказуемости, нереальности московской действительности.
Чрезвычайно любопытна в этом плане