Патриарх Иосиф возложил на Алексея Михайловича царский венец и оплечье-бармы, вручил скипетр, державу и напутствовал: «...и соблюдёт вас Господь в непорочной христианской вере, и возрастит Господь семя ваше государское в век грядущий в род и род в некончаемые веки на Российском царстве... и наследник будеши Небесного царствия со всеми святыми православными цари». Впервые прозвучала молитва патриарха о воцарении русского венценосца во всей Вселенной, обозначившая будущие претензии царя на ведущую роль православного Московского царства в мире. При венчании на царство было совершено помазание «на браде, под брадою и на вые»: после потрясений Смуты, когда страна была наводнена бритыми поляками, борода превратилась в символ истинного благочестия.
Торжество не могло не произвести глубокого впечатления на молодого государя, уже с детства осознававшего своё предназначение — принять скипетр великого царства из рук отца. Он понимал, что отныне вступил в особое царское служение, которое обещает не только могущество власти, но и «многи скорби». Скорее всего, он понимал и свою неготовность к этой миссии.
Алексей стал царствовать — но не править. Много ли знал и умел шестнадцатилетний юноша, даже при том, что люди Средневековья взрослели раньше, чем наши современники? Конечно, он прошёл положенный «курс» наук — выучился читать, освоил литургические тексты ежедневных служб и церковные песнопения. Петь царь любил и даже сам сочинял церковные распевы. А вот писал он неряшливо, «как курица лапой» — так ведь он не подьячий.
На троне оказался живой и подвижный юноша, любитель душеспасительного чтения — и вместе с тем заядлый охотник.
Только управлять страной его никто не учил. Этим занялся его воспитатель, влиятельный боярин Борис Иванович Морозов, которому юный государь всецело доверял. Морозов отодвинул от трона других представителей знати — Черкасских, Шереметевых и даже царскую родню — и сам возглавил важнейшие учреждения, отвечавшие за здоровье и безопасность царя (Аптекарский и Стрелецкий приказы) и финансы.
Молодого государя быстро и «правильно» женили. Афимья Всеволожская, выбранная было на смотринах самим Алексеем в 1647 году из двухсот девиц, от радости (или из-за слишком туго заплетённых волос) упала в обморок, была обвинена в «падучей болезни» и сослана вместе с родителями в Сибирь — правила дворцового «конкурса красоты» были жестоки. Царицей же в январе следующего года стала избранная уже Морозовым Мария Милославская, на сестре которой тогда же женился сам царский «дядька».
Вслед за новоиспечённым боярином и царским тестем Ильёй Даниловичем Милославским Морозов пристроил к власти и других своих людей. Окольничий Пётр Траханиотов стал руководителем Пушкарского приказа, Леонтий Плещеев — судьёй Земского приказа, ведавшего в столице борьбой с преступностью; он прославился вымогательством и жестокостью, похваляясь: «У меня де Москва была в руке вся, я де и боярам указывал!»
Правительство Морозова попыталось перенести тяжесть обложения с прямых на косвенные налоги: в 1646 году цену на соль увеличили в три раза — и её перестали покупать. Реформа провалилась, и власти объявили о сборе отменённых перед тем прямых налогов, чем вызвали массовое недовольство, в июне 1648 года в Москве вылившееся в восстание. Юный царь впервые столкнулся лицом к лицу с народной толпой, требовавшей казни Морозова и других «изменников».