Польшей и отправился в победоносный поход на Смоленск. Никон централизовал управление церковью, при этом стремясь сохранить её автономию. В предисловии к изданному в 1655 году служебнику он прославлял «премудрую двоицу: великого государя царя Алексея Михайловича и великого государя святейшего Никона патриарха, которые праведно преданные им грады украшают и суд праведный творят». Архипастырь основал новые монастыри, самым знаменитым из которых стал Воскресенский Новоиерусалимский под Москвой, «русская Палестина», копирующая христианские сооружения Святой земли. Патриарх был человеком просвещённым и книжным, оставил после себя большое литературное наследие.
Созванные по инициативе Никона церковные соборы 1654, 1655 и 1656 годов постановили устранить различия в богослужебных книгах и обрядах между русской и константинопольской Церквями, в том числе заменить двуперстие на троеперстие при совершении крестного знамения, восьмиконечный крест на четырёхконечный; в текстах служб вместо «Исус» стали писать «Иисус» и т. д.
Церковные власти отлучили противников реформ от церкви и прокляли их «как еретиков и непокорников», хотя спор шёл об обрядах, а не о догматах веры. Движение сторонников «старой веры» стало набирать силу, у него появились свои вожди и проповедники: дьякон Фёдор, инок Епифаний, священники Лазарь и Аввакум. Они предвещали конец света в 1666 году и грядущее Царствие Небесное, где не будет различия между рабами и господами, «но вси едино есть». Светопреставления не произошло, но активность сторонников старове-рия не падала, и власти начали гонения против раскольников.
В середине 1650-х годов Никон достиг вершины власти. В отсутствие отбывшего на войну государя он вмешивался в деятельность приказов, председательствовал в Думе и порой выгонял неугодных думцев на крыльцо. Так же он действовал и в церковных делах: смещал непокорных архиереев, провинившихся попов «смирял» ссылкой, а мог и посадить на цепь. Он же убедил царя начать войну со Швецией...
Страна переживала раскол. Новые обряды противоречили «старине» и нарушали представления об истинности веры. Для сознания средневекового человека было немыслимо даже малейшее изменение в священных текстах или Символе веры, поэтому добавление одной буквы в имя Христа понималось как принуждение поклоняться «другому богу», а изменение обряда крещения (обливание водой вместо погружения) — как недействительность таинства.
Сам патриарх не знал греческого языка; за основу «справы» были взяты не тексты древних греческих или славянских книг, а тогдашняя греческая богослужебная практика и тексты, напечатанные для греческого духовенства в Венеции. В ходе самой «справы» были сделаны ошибки; иные из них, причём содержащиеся в основных богослужебных текстах, сохранились аж до нашего времени. Но возражения противников реформ вызвали только гонения на них. Собственно, сами различия в богослужебных книгах не очень волновали патриарха — он мечтал об объединении сил всех христианских государей в борьбе с «басурманами». В 1657 году он разрешил своему бывшему единомышленнику Неронову пользоваться старыми служебниками: «...обои де добры — всё де равно, по коим хо-щеш, по тем и служи».
Патриарх казался всесильным. Но против него действовали как вчерашние сторонники — «ревнители благочестия», недовольные откровенным равнением Никона на греческое богослужение, так и отодвинутая им от власти московская знать. Да и возмужавший царь уже не хотел, как прежде, терпеть другого «великого государя». Начались несогласия и столкновения — властный патриарх трактовал некогда данную Алексеем клятву как своё право не только поучать царя в церковных делах, но и участвовать наравне с ним в мирских. Со всех сторон Алексей Михайлович слышал упрёки: «Доколе терпишь такова Божию врагу? Смутил всю русскую землю и твою царскую честь попрал, и уже твоей власти не слышать на Москве, а от Никона всем страх, и его посланники пуще царских всем страшны».
В 1658 году произошёл разрыв. Никон отказался от патриаршества «на Москве», но сохранил за собой архипастырский сан, надеясь вернуть церковный престол на своих условиях. «Дело» опального патриарха затянулось на несколько лет и из личной ссоры царя с предстоятелем превратилось в принципиальный вопрос о взаимоотношениях духовной и светской властей. Никон не признавал никаких обвинений и, в свою очередь, доказывал: «Не от царей начальство священства приемлется, но от священства на царство пользуются... яко священство царства превыше есть».
Благочестивый государь даже после разрыва с Никоном не мог самостоятельно сменить или судить патриарха — это могли сделать лишь другие патриархи. Только на церковном соборе 1666—1667 годов с участием александрийского и антиохийского патриархов Никон был осуждён и лишён сана. Опальный не смирился: высмеял своих судей как «бродяг» и «султанских невольников», отказался принять царские подарки и отправился в северный Ферапонтов монастырь простым монахом. Он пережил царя и умер в 1681 году, возвращаясь из ссылки по милости его наследника.