Отстранённую от власти придворную «партию» возглавили не слишком удачливый Иван Милославский и Софья, сестра покойного Фёдора. Царевна, не в пример слабому и больному брату, отличалась здоровьем, энергией, честолюбием и, как выразился один из её противников, была «великого ума и самых нежных проницательств, больше мужска ума исполненной девой». Недовольные исходом царских «выборов» сумели использовать волнения двадцати расположенных в Москве стрелецких полков (примерно 15 тысяч человек) — единственной организованной военной силы в руках правительства. Заранее были составлены списки бояр и «начальных людей», подлежавших расправе. Нарышкины же и возвращённый ими из ссылки Артамон Матвеев проявили явную беспечность.
Пятнадцатого мая 1682 года стрельцы с оружием ворвались в Кремль, охрана которого — царский Стремянной полк — не только не оказала сопротивления, но и открыла ворота. Восставшие потребовали выдачи бояр, виновных в гибели не только царя Фёдора, которого якобы отравили, но и царевича Ивана (им сообщили, что Нарышкины его «хотели задушити подушками»). Но когда шестнадцатилетнего Ивана и десятилетнего Петра вывели на крыльцо и показали стрельцам, это их не остановило. В итоге первый и последний раз в истории страны восставшие захватили и удерживали власть в столице в течение нескольких месяцев.
«... и они пошли все в верх с ружьём в ево великого государя хоромы, и к государыне царице, и к государю царевичу, и к государыням царевнам и искали в хоромех и везде, и взяв бояр, Артемона Сергеевича Матвеева кинули его с Красного крыльца на копьи, князь Григорья Григорьевича Ромодановского, взяв у патриарха, убили ж против Посольского приказу протазаном, а князь Михаила Юрьевича Долгоруково сверху ж кинули на копья, а Ивана Максимовича Языкова, изловя на Микитской и приведши к Орхангелу, изрубили ж на части, а князь Юрья Алексеевича Долгоруково на его дворе, кинув с крыльца больного, четвертовали и положили на площеди против его двора; а Лариона Иванова и сына его Ва-силья и полковника Андрея Дохтурова и Григорья Горюшкина изрубили ж, а Афонасья Нарышкина, сыскав у Спаса в верху в церкви, что у государыни царицы, под престолом, бив, кинули на копьи ж, и тела их всех снесли в Спаския ворота на Красную площадь к Лобному месту и там над ними наругались же и, сшед с верху, Судной и Холопей приказы разорили, вынесши, всякие письма изодрали. Да не зная стольника Феодора Петрова сына Салтыкова, в государевых мастерских сенях изрубили ж, а чаяли его быть Нарышкиным. А Петра Фомина сына Нарышкина убили за Москвою рекою.