Едва ли мы когда-нибудь узнаем о том, как в действительности относились к Софье придворная знать и простонародье: московиты той эпохи редко фиксировали свои чувства, и свидетельства такого рода можно обнаружить лишь случайно. Однако порой и делопроизводственные или хозяйственные бумаги содержат уникальные данные о жизни столичных «верхов». Так, ранней весной 1678 года монахи Иверского монастыря стремились освободить обитель от платежа чрезвычайного налога и «били челом Новодевича монастыря игуме-нии, чтоб она побила челом благоверным царевнам, и игумения вверху была и благоверным царевнам о сих накладных денгах... била челом, чтоб пожаловали великому государю заступили, и благоверные де царевны Евдокия и София Алексеевны реклися брату своему великому государю о тех наших делах заступить во благополучное время, а ныне де не время, потому что готуются к Божественным Тайнам». Это — первое упоминание об участии царевны Софьи в политической жизни; во всяком случае, из него следует, что двадцатилетняя царевна уже имела — по крайней мере в глазах монастырских властей — известный вес в делах.
Много лет спустя В. Н. Татищев сообщал о другом примере вмешательства царевны в публичную политику: «Великий плут Иван Милославский, ища Петра Великаго в народной любви искоренить, а царевны Софию в большее почтение привести, неколико таких скверных женщин научил в церквах кричать и ломаться, и одна была шляхетского знаменитого рода девица, которая в соборе Успенском безобразно кричала, а царевна София, приступя ко оной с заклинанием диавола, молилась... что в подлом народе в великую ей святость причли». Правда, до поры влияние царевны не выходило за пределы дворца и не противоречило традиции.
В 1682 году 25-летняя Софья стала одним из активных участников начавшейся вокруг трона борьбы — и сумела стать настоящим лидером. Она не испугалась диспута о вере, устроенного в Грановитой палате по инициативе Хованского и вождей старообрядцев. Прения едва не перешли в драку, и лишь вмешательство Софьи спасло учёного холмогорского архиепископа Афанасия от побоев. Раскольники поносили память государей Алексея и Фёдора, а когда царевна запротестовала, старообрядцы-стрельцы заявили: «Пора, государыня, давно вам в монастырь, полно царством-то мутить!» Но Софью трудно было запугать; она знала, что сами стрельцы зависят от милости двора, и, в свою очередь, пригрозила, что уйдёт с брать-ями-царями из Москвы в другие города и возвестит народу об их «непослушании и разорении». Угроза подействовала: буйные стрельцы не только отступились от раскольников, но и помогли их арестовать; предводитель старообрядцев Никита Добрынин за свою дерзость поплатился головой. Правительство перешло в наступление: указ 1684 года предписывал всех раскольников, отказывавшихся посещать церкви, «пытать и разыскивать накрепко. <...> которые с пыток учнут в том сто-яти упорно ж и покорения Святой Церкви не принесут, и таких за такие вины, по трикратному у казни вопросу, будет не покорятся, сжечь». Раскольников били кнутом и ссылали в монастыри, их имущество конфисковывали.
Политика регентши была направлена на удовлетворение дворянских чаяний: она повелела ловить, наказывать и возвращать к господам беглых холопов, в 1683 году разослала сыщиков на поиск беглых крестьян, требовала от землевладельцев регистрации купли-продажи крестьян. Правительство Софьи восстановило отменённые при Фёдоре должности губных старост, указало в 1684 году «справлять» поместья за малолетними наследниками независимо от размеров владения, осуществило земельные пожалования в связи с «Вечным миром» с Польшей (1686).
Вслед за Хованским Софья постепенно отстранила от власти интригана И. М. Милославского. Конечно, Иван Михайлович и его родственники (боярин Матвей Богданович и окольничий Ларион Семёнович) заседали в Думе, но на первое место в правительстве выдвинулся боярин князь Василий Васильевич Голицын. Возглавивший после восстания Посольский приказ (и связанные с ним Малороссийский, Великой России и Смоленский приказы), князь в октябре того же года был пожалован почётным титулом «царственные большие печати и государственных великих посольских дел оберегатель». В 1682 году он возглавил военные Иноземский, Рейтарский и Пушкарский приказы и финансовые Новгородскую, Галицкую, Владимирскую и Устюжскую четверти. Главное военное учреждение, Разрядный приказ, оказалось под началом думного дьяка Василия Семёнова, которого Софья выбрала «не из знатных», «чтобы подлежал к ней и князю Голицыну». Стрелецкий приказ попал в руки ещё одного сторонника царевны — дьяка Фёдора Шакловитого, которого она сделала думным дворянином и окольничим. Таким образом, к концу года Софья и Голицын сосредоточили в своих руках руководство дипломатией и вооружёнными силами государства.