И на завтрея того дни мая в 16 день приходили также на Постельная крыльцо с ружьём, и выходили к ним говорить государыни царевны, чтоб они, помня крестное целованье, так к ним в дом их государев не приходили с невежством... И великий государь указал им их выдать; думнаго дьяка Аверкея Кирилова, дохтура Яна да Степанова сына, и они их убили ж, а тех всех, о которых они великому государю били челом, простили, а Ивана Нарышкина и Степана дохтура государыни царевны упросили до утрея, а того дни их не сыскали, и они пошли два приказа в Немецкую слободу и Степана дохтура сыскав, в нищенском образе привели в верх и отдали за караул.
И майя в 17 день приходили на Постельное ж крыльцо, также и к ним выходили государыни царевны ж и изволили им говорить, чтоб он для их государского многолетняго здоровья боярина Кирилу Полуехтовича Нарышкина и дохтура Степана простили, и они боярина Кирилу Полуехтовича простили, а чтоб ево постричь; а тех бы выдали, и хотели итить в верх, и великий государь их указал выдать, и они, взяв их, Ивана Нарышкина и Степана дохтура, повели в застенок в Костентиновскую башню и пытали, и после пытки изрубили их в части и череп Ивана Нарышкина на копьё воткнули»6
.Правящая верхушка понесла тяжёлые потери: среди сорока убитых были шесть бояр, в том числе Артамон Матвеев, братья царицы, отец и сын Долгоруковы, главнокомандующий армией во время Русско-турецкой войны Григорий Ромодановский, выданный собственным холопом любимец царя Фёдора Иван Языков; думные дьяки Ларион Иванов и Аверкий Кириллов. Мятежники расправились с двумя придворными врачами — Стефаном фан Гаденом и Иоганном (Яном) Гутмен-шем — те якобы готовили «злое отравное зелье» для царской семьи по приказу других «изменников» — бояр А. С. Матвеева и А. К. Нарышкина.
Власти были вынуждены удовлетворить требования восставших стрельцов: виновных в злоупотреблениях командиров сослали или казнили, их имущество было конфисковано, а стрельцы «с великою наглостию» получили из казны в общей сложности 240 тысяч рублей и добились «политической реабилитации» своих действий. Кроме того, они впервые добились официальной «политической реабилитации» своих действий — чтобы их «бунтовщиками и изменниками не называли и без... государеких имянных указов и без подлинного розыску их и всяких чинов людей никого бы в ссылку не ссылали». В июне 1682 года полки получили соответствующие царские грамоты; их текст был воспроизведён на специально воздвигнутом памятнике («столпе») на Красной площади.
Под нажимом стрельцов было созвано подобие собора, провозгласившее царями обоих братьев. По официальному объяснению Иван якобы вначале добровольно «поступился царством» в пользу Петра, затем согласился «самодержавство-вать обще» и уже оба царя по челобитью «всенародного множества людей» вручили правление сестре Софье, поскольку сами находились «в юных летех». Однако скорее всего акт, передававший власть Софье, был составлен уже задним числом её ревностным сторонником — учёным и публицистом Сильвестром Медведевым.