Двадцать пятого июня 1682 года в Успенском соборе состоялось очередное торжество венчания новых государей. Однако прецедента двоецарствия раньше никогда не случалось, и у организаторов возникли трудности: требовались два скипетра, две державы, два царских облачения. Для Ивана использовали прежние регалии, а для Петра всё было искусно сделано заново — новые символы власти почти не отличались от старых. Шапка Мономаха досталась Ивану; ремесленникам Золотой палаты пришлось спешно сделать для младшего брата такой же убор «второго наряда». Кремлёвские мастера изготовили для царей-соправителей необычный двойной трон, который сейчас хранится в Оружейной палате. Он напоминает золочёный чертог с двумя обитыми бархатом сиденьями на возвышении в три ступени. Его боковые стенки и высокая спинка, соединённые под прямым углом, образуют за троном закрытое с трёх сторон пространство, где помещался тот, кто помогал малолетним царям во время официальных церемоний. Наставления и советы звучали через оконце, прорезанное в спинке и драпировавшееся бархатом.
Пышное оформление церемонии скрывало политический кризис — до конца лета 1682 года сохранялось стрелецко-боярское двоевластие, стрельцы во главе со своим командиром, заносчивым и недалеким боярином князем Иваном Андреевичем Хованским, чувствовали себя хозяевами города. Однако хованщина не удалась: самоуверенный князь не нашёл общего языка с царевной и не догадался поставить во главе приказного аппарата верных людей. Кроме мятежных стрельцов, Хованскому не на кого было опереться.
Правительнице и её окружению, хотя и с большим трудом, удалось к сентябрю собрать под Москвой дворянское ополчение. Хованского вызвали из Москвы, по дороге арестовали и вскоре казнили по обвинению в измене и «злохитром вымысле на державу их, великих государей, и на их государское здоровье», что было явной ложью. Однако устрашённые стрельцы сдались, хотя и на весьма мягких условиях: казнено было всего несколько человек и даже по фактам убийства членов царской семьи следствие не заводилось. 21 мая 1683 года был разослан указ, подводивший черту под прошлым: «...во всех городах и уездах учинить заказ крепкий, под смертною казнью... чтоб всяких чинов люди прошлого смутного времени никак не хвалили, никаких непристойных слов не говорили и затейных дел не вмещали».
После усмирения стрельцов ситуация в «верхах» на несколько лет стабилизировалась. Софья, в отличие от братьев-царей, к тому времени была уже вполне зрелым человеком, но о её жизни до 1682 года слишком мало сведений. Известно лишь то, что её рождение было отмечено пиром, а крестил царевну сам патриарх Никон в Успенском соборе.
«Государыни царевны» были недоступны взорам подданных и иностранцев — их круг общения составляли патриарх, сёстры и другие ближние родственники; имён царских дочерей мы не встретим в официальных летописях и разрядных записях. Брак и семья для них были невозможны — о печальном опыте с заморским принцем Вальдемаром речь уже шла выше, а выдавать царевен за подданных-«холопей» было «невместно». Их уделом на всю жизнь оставались молитвы, посты и одиночество, скрашиваемое рукоделием и редкими торжественными событиями вроде царской женитьбы и рождения братьев, сестёр и племянников.
Судя по действиям Софьи-правительницы в 1680-х годах, темпераментную и решительную царевну такой образ жизни не устраивал. При жизни отца она успела оценить придворный театр с музыкой. С науками и литературным творчеством царевну познакомил придворный писатель Симеон Полоцкий, посвятивший ей несколько строк в своём богословском труде «Венец веры кафолической» (1670):
О благороднейшая царевна Софиа,
Ищеши премудрости выну небесныя.
По имени твоему жизнь твою ведеши:
Мудрая глаголеши, мудрая дееши...
Ты церковныя книги обыкла читати И в отеческих свитцех мудрости искати...
Побывавший в 1689 году в Москве француз на польской дипломатической службе Фуа де ла Невилль рассказывал, что уже во время последней болезни Фёдора Алексеевича «под предлогом того, чтобы ухаживать за братом, к которому она выказывала большую любовь, она воспользовалась случаем, чтобы вкрасться в доверие к знати, завоевать народ своими милостями и приучить и тех и других к тому, чего они никогда не видели». «Но подобный план, — заметил дипломат, — не мог бы иметь успеха без большой партии сторонников, и она решила её составить; изучив достоинства всех, она сочла, что нет никого достойнее, чтобы стать во главе её, чем князь Голицын».