Князь В. В. Голицын показал себя не только «галантом» царевны, но и государственным деятелем, ориентированным на реформы и сближение с Западом. В качестве «первого министра», руководителя нескольких приказов, он не только заключил «Вечный мир» с Речью Посполитой, но и вступил в коалицию европейских стран для борьбы с Османской империей. Возглавив русскую армию в походах на Крым, князь военных лавров не стяжал, зато, по сообщениям иностранных дипломатов, разрабатывал планы преобразований, включавшие создание регулярной армии, введение подушной налоговой системы, ликвидацию государственных монополий и даже отмену крепостного права.
Даже сторонник Петра I князь Борис Куракин признавал: «...правление царевны Софии Алексеевны началось со всякою прилежностию и правосудием всем и ко удовольству народному, так что никогда такого мудрого правления в Российском государстве не было. И всё государство пришло во время её правления, чрез семь лет, в цвет великаго богатства. Также умножилась коммерция и всякие ремесла; и науки почали быть возставлять латинскаго и греческаго языку; также и политес возставлена была в великом шляхетстве и других придворных с манеру польского — и в экипажах, и в домовном строении, и уборах, и в столах. И торжествовала тогда довольность народная, так что всякой легко мог видеть, когда праздничной день в лете, то все места кругом Москвы за городом, сходные к забавам, как Марьины рощи, Девичье поле и протчее, наполнены были народом, которые в великих забавах и играх бывали, из чего можно было видеть довольность жития их».
Казалось, положение правительницы упрочилось. При особе старшего царя Ивана Алексеевича в 1683 году, помимо Голицына, находился цвет Думы — бояре Шереметевы, Одоевские, Прозоровские, Милославские, несколько окольничих, думные дьяки. В свите Петра состояли лишь два-три боярина, два окольничих и думные дворяне. Однако «довольность жития» при дворе омрачалась безрадостной перспективой: с годами слабость и болезненность Ивана (он плохо видел и явно отставал в развитии) становились всё более заметными, тогда как живой и энергичный младший брат со временем имел бы полное право не только царствовать, но и править. Посетивший Москву в 1684 году имперский гонец Иоганн Эберхард Хевель утверждал: «Никому не тайна, что старший брат по слабому состоянию умственных и физических сил неспособен к управлению. Это признают сами бояре и частенько об этом вздыхают».
Саксонец Шлейсингер писал: «Бояре и важные господа очень симпатизируют младшему [царю]... но стрельцы и простые люди склоняются к старшему». «Улица» ещё по традиции почитала старшего в роду, но «важные господа» — придворные и московские чины — имели возможность сравнивать достоинства обоих государей и понимали, от кого из них будут впоследствии зависеть их продвижение по службе и пожалования. Юный Пётр тогда ещё был далёк от политики — его больше занимали «марсовы и нептуновы потехи». Но наблюдательные иностранцы уже с конца 1682 года отмечали напряжённые отношения между правительницей и царицей Натальей Кирилловной и формирование «партий» вокруг юных царей. За спиной Петра стояли не только влиятельные родственники, но и «потешные» полки. По словам Шлейсингера, сторонники царевны уже приступили к активным действиям: в селе Преображенском Петру I «однажды подожгли конюшню, другой раз подложили огонь под его покой и спальню». Конечно, пожар мог возникнуть и без всякого злонамеренного умысла; однако важно, что это событие в напряжённой политической атмосфере уже воспринималось современниками именно как покушение.
Думавшие о будущем придворные стали пополнять ряды сторонников Петра, и в 1688 году на церемониальных выходах его окружал целый сонм думных людей во главе со знатнейшими боярами М. А. Черкасским, И. Б. Троекуровым, И. С. и Ф. С. Урусовыми, М. И. Лыковым, К. О. Щербатовым, Ф. П. Соковни-ным, Ф. П. Шереметевым, Л. К. Нарышкиным, Т. Н. Стрешневым. Обе группировки вели постоянную активную борьбу за ключевые посты в системе управления и проводили в Думу своих сторонников: при Фёдоре Алексеевиче и его младших братьях число думных чинов стремительно выросло, превысив сотню. Но этот расцвет «боярского правления» стал началом его конца — Дума перестала быть работоспособной.
Самодержавная власть не делится на троих. Софья боролась: её имя появилось в титулатуре указов с боярскими приговорами: «Великие государи цари и великие князи Иоанн Алексеевич, Пётр Алексеевич, всея Великия и Малыя и Белыя России самодержцы, и сестра их, великая государыня царевна и великая княжна София Алексеевна указали и бояре приговорили». С 1686 года в именных указах и жалованных грамотах она именовалась «самодержицей», то есть по статусу приравнивалась к братьям.
В январе 1684 года состоялась свадьба царя Ивана Алексеевича — его женой стала Прасковья Фёдоровна Салтыкова, которая родила ему пять дочерей: Марию (1689—1692), Феодосию (1690?—?), Екатерину (1691 — 1733), будущую российскую императрицу Анну (1693—1740) и Прасковью (1694—1731).