Пётр с начала 1688 года (ему исполнилось 16 лет) стал являться в заседания Боярской думы. В январе следующего года его женили на Евдокии Фёдоровне Лопухиной — это означало наступление совершеннолетия царя и окончание регентской власти правительницы. Но она не собиралась сдаваться. 8 июля Софья демонстративно явилась на крестный ход по случаю празднования явления Казанской иконы Божией Матери, «что было противно» младшему брату: «И вышед из соборной церкви, царь Пётр Алексеевич просил сестру свою, чтоб она в ход не ходила. И между ими происходило в словах многое. И потом царь Пётр Алексеевич понуждён был, оставя ход, возвратиться в свои апартаменты, понеже сестра его, царевна Софья, не послушала и по воле своей в ход пошла с братом своим царём Иоанном Алексеевичем. Также она, царевна София, начала делать червонные под своею персоною, и в короне, и имя своё внесла титула государственного. Также учинила себе корону и давала овдиенции публичныя послам польским и шведским и другим посланникам в золотой палате, что всё то принято было за великую противность от брата ея, царя Петра Алексеевича».
Правая рука царевны, князь Василий Голицын, был первым из плеяды официальных фаворитов при «дамских персонах»; по-видимому, эта «должность» негативно воспринималась его современниками, ещё не привыкшими к подобным вещам. К нему пристало прозвище «временщик» — его воспроизвёл в своём донесении де Невилль, и его же прокричал в 1688 году набросившийся на князя убийца. От ножа Голицын увернулся, но создать в правящем кругу надёжные «креатуры» и обеспечить стабильность власти правительницы не смог. Куракин не без злорадства отмечал, что в конце правления Софьи начальник Стрелецкого приказа Шакловитый «в тех пле-зирах ночных был в большей конфиденции при ней, нежели князь Голицын, хотя не так явно. И предусматривали все, что ежели бы правление царевны Софии ещё продолжалося, конечно бы князю Голицыну было от нея падение или б содержан был для фигуры за перваго правителя, но в самой силе и делех бы был помянутой Щегловитой».
Иностранные послы сообщали о «взаимной ненависти и недоверии» придворных группировок. Реформы в армии, привлечение на службу иностранцев, устройство академии, открытие идеологом нового правительства Сильвестром Медведевым латинской гимназии вызывали неудовольствие Церкви. Иоаким осуждал правительницу за то, что она осмелилась принять шведских послов, и оказывал двору Петра I материальную поддержку; Голицын конфликтовал с Милославскими, противники князя не одобряли его покровительство иезуитам и распускали слух о его подкупе шведами. Безуспешные Крымские походы подорвали авторитет временщика в армии, тем не менее царевна за первый поход наградила князя золотой медалью, осыпанной драгоценными камнями (рядовым ратникам досталось по серебряной копейке), а за второй — особой «похвальной грамотой», «золотным кафтаном» на соболях, серебряным кубком и крестьянской волостью в Суздальском уезде.
В 1689 году Шакловитый начал агитировать стрелецких командиров подать челобитную о венчании правительницы на царство. Предложение не получило поддержки, и царевна «того дела делать не указала». В том же году в России и за границей стал распространяться коронационный портрет Софьи — в царском облачении и со скипетром, а в Москве Шакловитый вновь собирал стрельцов, чтобы организовать её «выборы» на царство по образцу 1682 года.
На этих совещаниях, если верить показаниям стрельцов на следствии, зашла речь о том, чтобы «уходить медведицу, царицу Наталью» и самого Петра: «Чего и ему спускать? За чем стало?» Были предложения подложить царю в сани гранату или зарезать его во время пожара. Возражений, судя по материалам следствия, вроде бы не последовало, как, впрочем, и каких-либо решительных действий. По-видимому, стрельцы не доверяли царевне и не желали уничтожать сторонников Петра без официального приказа. Отдать же его Софья так и не решилась, тем более что в рядах её приверженцев не было единства — например, Сильвестр Медведев выступал против покушения на вождей конкурирующей «партии» Б. А. Голицына и Л. К. Нарышкина.
После провала второго Крымского похода летом 1689 года противоречия между придворными «партиями» достигли апогея. Развязка наступила в ночь с 7 на 8 августа, когда в Преоб-раженское приехали два стрельца, уведомивших Петра о сборе по тревоге ратных людей в Кремле и на Лубянке «неведомо для чего». Испуганный царь с немногими людьми немедленно ускакал из своей резиденции и укрылся в укреплённом Трои-це-Сергиевом монастыре. Софья же как будто не знала, что предпринять. В эти дни она часто молилась, ходила в окружении стрельцов в Донской и Новодевичий монастыри. Она послала к Петру бояр и патриарха, убеждала брата вернуться, но он отказался. Иоаким остался в Троице, на сторону семнадцатилетнего царя переходили члены государева двора, солдатские и стрелецкие полки, служилые иноземцы.