Плоды благоприятных условий, в немалой степени объяснявшихся мудрой политикой, сказались весьма скоро. В короткое время Никейская империя достигла небывалого процветания, какого уже давно не помнило Ромейское царство. Обогащению казны способствовало и то, что в соседних турецких землях из-за продолжительных беспорядков царил голод. Золото, драгоценности, ткани сельчуки меняли на продукты питания. Гонимые угрозой со стороны длинноволосых, поклоняющихся небу, диких кочевников —
В царствование Иоанна Ватаца, Никея, несмотря на тяжкие времена, частые войны, превратилась в один из главных центров византийской культуры и образованности. Это проявилось в том, что в городах создавались библиотеки, собирались и переписывались книги древних авторов. При императорском дворе была основана высшая философская школа, в которой обучались сыновья аристократов. Отныне Никея сравнивалась с древними Афинами, а Никейская империя — с античной Элладой.
И все же первой заботой этого выдающегося правителя, как и его покойного тестя, оставалось укрепление военной мощи государства. С помощью средств от посильных налоговых сборов он еще более умножил наемные отряды «латиникон», «скификон», ополченцев-«эллиникон», в воздвигнутых многочисленных военных крепостях на случай осады создал обильные запасы продовольствия и оружия, специальные части по обслуживанию военных машин, организации снабжения войск в походных условиях. Вытесненных свирепыми монголами кочевников-половцев он расселил в качестве стратиотов. Никейский флот занял крупнейшие острова Эгейского моря и заставил подчиниться средиземноморский Родос.
Борьба с латинами-католиками, «франками» неожиданно сблизила Иоанна Ватаца с ярым противником папства — императором Священной Римской империи Фридрихом II Гогенштауфеном, внуком Барбароссы. Как и его хищный дед, он тоже стремился покорить Италию, сломить сопротивление ее свободолюбивых городов-коммун. Выросший на Сицилии, необыкновенно образованный, он удивлял мир своими вольнодумными выходками и ни во что не ставил Папу римского, которому не желал подчиняться. Для скрепления возникшего союза со столь оригинальным «овосточенным» правителем давно овдовевший 52-летний Иоанн в 1244 г. женился на внебрачной дочери Фридриха, 14-летней Констанции, в православном Крещении нареченной Анной, и пышно отметил свадьбу, что еще более подняло авторитет Никейской империи. Правда, надежды на то, что грозный тесть поможет изгнать латинов из Константинополя не оправдались: в 1250 г. властолюбивый создатель первой в средневековой Европе абсолютной монархии неожиданно умер в самый разгар борьбы за Италию, куда ему в помощь посылались и никейские контингенты.
Несмотря на государственный режим экономии, набожный Ватац не забывал осыпать духовенство богатыми дарами, мелким землевладельцам жаловал за службу пронии, но, как и его германский венценосный друг, требовал одного — беспрекословного подчинения. Император возводил новые церкви, восстанавливал и украшал разрушенные, заботился о монастырях, строил приюты, богадельни, больницы. Этим он еще более укрепил свою добрую славу и снискал популярность среди простого народа, нужду которого стремился уменьшить.
Василевс поддерживал морально и материально бедствовавшее православное духовенство Константинополя, Фессалоники, Афона, Аттики, Антиохии, Александрии, Иерусалима, Сиона, заслужив его расположение и содействуя сакрализации своего образа как хранителя Православия. Именно за заботу, милость к подданным и благочестие через пол сотни лет после смерти, в эпоху наступившего к тому времени кризиса, он был канонизирован, став православным святым Иоанном Милостивым, чего не скажешь о Фридрихе Гогенштауфене, проклятом Римским папой. К новому святому взывали как к небесному заступнику от турок и радетелю о благе народа.