Очередной шаг был предпринят ранней весной следующего года. Крайне нуждаясь в помощи флота Генуи против охранявших Латинскую империю и Константинополь кораблей венецианской морской республики, император заключил с генуэзцами — главными соперниками Венеции договор в Нимфее
, царской резиденции, расположенной недалеко от процветавшего в это время западномалоазийского города Смирны. Согласно соглашению, генуэзцы, в случае отвоевания Никеей столицы ромеев, получали те льготы, которыми раньше пользовались венецианцы. Василевс обязывался предоставить им места для сбыта товаров, собственный квартал в Константинополе, право беспошлинной торговли, а также запретить проход в Черное море кораблей иных латинов, особенно Венеции. Этим историческим соглашением закладывался фундамент будущему торговому верховенству Генуи на Востоке.Но до использования генуэзских галер для овладения столицей дело не успело дойти. В 1261 г. никейский полководец, родовитый Алексей Стратигопул, один из командующих битвой в Пелагонии, ненароком отнял у латинов самый заветный трофей — Константинополь.
Захват города произошел, на первый взгляд, совершенно случайно, как дар Божий — непредвиденно и с ошеломляющей легкостью. Недаром византийские историки не упоминают даже об обычных в подобном случае знамениях. Летом 1261 г., направляясь в греческую Фессалию на разведку против неугомонных эпирцев с небольшим отрядом в 800 человек из ромеев и наемников-степняков, половцев, годных для набегов и засад, ромейский военачальник решил по пути подступить к столице и всего лишь попугать латинов. К слову, с ними в это время действовало перемирие. На подступах к Городу, от окрестных сельских жителей — телематариев, работавших у латинов по вольному найму, ему стало известно, что главные силы императора Романии на 30 судах венецианского флота, нарушив перемирие, отправились на морскую вылазку для отвоевания и грабежа принадлежавшего никейцам острова Дафнусия у южного побережья Черного моря. Островок был крошечный, но обладал крепостью с портом-убежищем, важными для контроля входа в Босфор. В Константинополе осталась только малочисленная стража. После некоторых колебаний, заручившись содействием все тех же телематариев, Алексей Стратигопул решил занять беззащитный город. В ночь на 21 июля несколько десятков воинов проникли в безмятежно спавшую столицу через подземный ход из загородного монастыря Живоносного Источника Божьей Матери (по другой версии — городские ворота Пиги, которые разблокировали горожане-добровольцы, сбросившие со стены стражников). Дело уже близилось к рассвету, когда остальные военные силы никейцев, главным образом лучники-половцы, наконец вошли в Город, где стали грабить дома италийцев и вместе с горожанами избивать оставшихся латинов. Последний император Латинской Романии Балдуин II (1228–1261 гг.), разбуженный шумом, криками, сполохами пожаров и пораженный вестью о взятии города ромеями, бежал на венецианском торговом судне, позорно позабыв в спешке даже символы своей власти — царскую шапку-калипитру
и меч.