Иностранные купцы, как правило, образовывали общины, что со временем было закреплено официально. Уже в XVI веке к столице примыкали предместья, где проживали купцы из Польши и Литвы; в 1652 году появилась Немецкая слобода, в которой селились торговцы из протестантских стран Европы. Небольшие армянские общины фиксируются с 1640-х годов в Казани, с 1660-х – в Москве (где имелась армянская церковь), с 1710 года – в Петербурге. Обитатели таких предместий пользовались внутренним самоуправлением и свободой отправления культа (голландская реформатская церковь в Москве существовала с 1625 года). Такая практика была удобна и для государства, она облегчала сбор таможенных пошлин и контроль над торговлей.
Как и в большинстве государств раннего Нового времени, царь претендовал на монополии (в Европе это часто называлось «королевскими экономическими регалиями») или правом первоначального отбора многих товаров. Начиная с XVI века, дорогие меха, моржовые клыки, воск и мед продавались представителями царя, а вырученные деньги шли в казну. В 1653 году ввоз ревеня из Китая, осуществлявшийся в больших масштабах (в Европе это растение ценилось за слабительные свойства), был объявлен государственной монополией, на что указывает Эрика Монахен. В XVII веке голландцам даровали монополию на вывоз икры – в католических странах ее охотно потребляли во время Великого поста. Но не стоит преувеличивать роль государственных монополий: доля государства в экспорте составляла около 10 %, а товары, отбиравшиеся им по преимущественному праву – ткани, золото, драгоценности, шерстяные изделия, шелка и бархат, вино, персидские предметы роскоши, – составляли в том же XVII столетии лишь 1 % от всей архангельской торговли.
Тем не менее, в XVII веке русские купцы жаловались на недобросовестную конкуренцию со стороны иностранцев – возможно, потому, что последние легко обходили запреты на ведение розничной торговли. Челобитные 1627, 1635, 1637, 1646 и 1649 годов содержали просьбы об установлении преференциальных тарифных ставок и защите отечественной розничной торговли. Власти сперва ответили повышением сборов с иностранцев в Архангельске (1646), а в 1649 году лишили англичан оставшихся торговых привилегий и запретили им проживать внутри страны; эти меры являлись также актом протеста против казни Карла I. Уложение 1649 года содержало пункты о запрете для иностранцев владеть лавками и заниматься розничной торговлей, кроме того, повышались тарифы на перевозки, таможенные пошлины и плата за лицензии.
После 1649 года торговая политика сделалась отчетливо протекционистской, но оставалась гибкой. Согласно указам 1653 года, упрощалась система всех налогов и пошлин, относившихся к торговле: для русских купцов вводилась базовая пятипроцентная ставка, иностранцы дополнительно уплачивали 2 % за перевозку товаров внутри России. Новоторговый устав 1667 года, принятый специально для того, чтобы снабдить государство звонкой монетой после успешной, но дорогостоящей Тринадцатилетней войны (1654–1667), содержал упрощенные и стандартизированные положения, направленные на исключение иностранцев из внутрироссийской торговли. Ограничения касались всех зарубежных купцов, никаких монополий не предусматривалось. Тарифы были подняты, суммы следовало вносить заранее, независимо от того, насколько хорошо шли дела впоследствии. Таможенные пошлины уплачивались золотом или серебром; пошлины на вывоз аннулировались, если иностранные купцы платили за товары звонкой монетой. Для иностранцев сохранялся запрет на розничную торговлю, поднимались пошлины на оптовую торговлю внутри страны, вводились ограничения на владение землей. Устанавливалась, в целях упрощения, плоская ставка на транзитную перевозку товаров. Теперь купцы из других стран могли совершать операции преимущественно в приграничных городах: голландцы и англичане – в Архангельске, шведы – в Новгороде и Пскове, восточные торговцы – в Астрахани, те, кто вел сухопутную торговлю с Прибалтикой, Польшей и Литвой, – в Смоленске, те, кто торговал с Левобережной Украиной, – в Путивле.