При Екатерине II церковь по-прежнему обладала немалым экономическим могуществом, пыталась, хотя и безуспешно, восстановить патриаршество и смело заявляла, что поскольку Петр I не предъявлял претензий на большинство церковных земель, то права церкви на владение землей тем самым подтверждены и ей следует вернуть отнятые льготы. Благодаря пожертвованиям и экономическом росту церковные и монастырские владения в 1762 году составляли около двух третей всех обрабатываемых земель, на которых проживало около седьмой части всего сельского населения империи (по преимуществу на севере и в центре). Для покрытия военных расходов Петр III – эта мера была намечена еще при Елизавете – решил изъять в пользу государства новую порцию церковных земель и передать их в ведение Коллегии экономии (ранее упраздненной и теперь воссозданной), которой управляли бы отставные дворяне. Таким образом, епископы и монахи получали бы жалованье от государства, а у монастырей оставалось бы достаточно земель для содержания монахов. Петр успел приступить к этой реформе; Екатерина, после некоторого колебания (императрица не хотела отталкивать церковь на фоне бурных событий, связанных с ее восшествием на престол), подхватила его начинание в 1764 году. Возможно, причиной были также крестьянские волнения, вспыхнувшие, когда претворение в жизнь реформы (получившей одобрение крестьян) было приостановлено. Большинство обителей закрылись: из 562 мужских монастырей остался только 161, из 217 женских – только 67. К 1770 году 17 тысяч монахов, оставшихся без места, были призваны в армию. Положение бывших церковных крестьян, ныне «экономических», было лучше, чем даже у государственных крестьян, поскольку в ходе реформы земли подверглись перераспределению и крестьянские наделы увеличились. Правда, оброк был поднят по сравнению с прежним, но тем не менее эти крестьяне преуспевали, государство же получило прибавление ежегодного дохода на сумму в миллион рублей.
Многие этнические группы, проживавшие в стране, платили иные налоги и по иным ставкам, хотя в 1780-е годы были предприняты попытки налоговой гармонизации на западных окраинах (все это, однако, просуществовало недолго). В Сибири, к примеру, податные восточнославянского происхождения уплачивали подушную подать и оброк в том же размере, что был установлен для всей империи. Коренные жители платили ясак. В течение XVIII столетия власти предпочитали получать в качестве ясака меха, а не звонкую монету, но временами пытались ввести для них денежный эквивалент. Это вызвало проблему установления стоимости мехов; местные жители старались тайно продать лучшее, что у них имелось, купцам (хотя в принципе торговля мехами была запрещена). Екатерина II попыталась осуществить в Сибири административно-финансовую реформу, аналогичную той, что проводилась в остальной империи. Предусматривался коллективный сбор мехов с местного населения, стоимость ясака была зафиксирована, каждое сообщество выбирало старейшин, которые взаимодействовали с русскими сборщиками ясака. При неизменной стоимости ясака и растущих рыночных ценах доходы казны не росли, и, кроме того, не удалось создать эффективно работающий институт старейшин. Но для коренных жителей сохранялась особая система налогообложения, с большим количеством лазеек, чем та, которая применялась к русско- и украинскоговорящим крестьянам Сибири.
Перейдем к косвенным налогам. Вторым по значимости источником доходов государства, как и в Европейской России, являлась продажа водки. До 1767 года преобладала система продажи «на вере», через «выборных» – выбираемых местным населением чиновников. Затем были (теоретически) введены откупа. В Западной Сибири, однако, не было достаточного числа дворян, готовых стать откупщиками, поэтому водку производили на казенных и городских винокурнях. В Восточной Сибири коренные жители имели право производить и продавать арак – водку из кумыса. Поэтому рынок регулировался и водка продавалась в казенных лавках.