Прокопович в своих трудах опирался на теорию общественного договора, идущую от Гуго Гроция, чтобы оправдать передачу престола по назначению монарха («Правда воли монаршей», 1722), а в «Духовном регламенте» (1721), как утверждают некоторые, отдал дань протестантской коллегиальности. Документ отмечен влиянием консисторского принципа церковной организации в его прусском и шведском вариантах, но соблюдает православную традицию церковной автономии. Первоначально Петр I намеревался сделать церковь одним из институтов внутри светского государства, на правах коллегии, но Прокопович убедил его, что ей необходимы более высокий статус и автономия. По его предложению, высший орган управления церковью – 12 епископов и стоящий над ними обер-прокурор, светское лицо – был поставлен над коллегиями и получил название Святейшего правительствующего синода. Реформа 1722 года официально закрепила фактическое упразднение патриаршества, но Прокопович настаивал на том, чтобы Синод по своему статусу стоял наравне с Сенатом. В «Духовном регламенте» упор делается на пасторскую роль церкви и перечисляются цели реформы, которые обсуждались с XVI века: регулирование жизни монахов, осуждение народных верований, отклоняющихся от официального православия, а также сложившегося обращения с мощами и иконами. Прокопович ввел новые практики, выработанные европейскими церквями в процессе конфессионализации: создание семинарий и школ для мирян, ведение священниками записей и отправка ими отчетов о присутствии прихожан на основных церковных праздниках и приобщении их к таинствам. Широко известен тот факт, что, согласно «Регламенту», священники обязаны были докладывать обо всех противоправительственных признаниях, услышанных на исповеди, но к концу столетия эта обязанность фактически отпала: приходские священники оказались в этом смысле ненадежными, и данную функцию мог выполнять усовершенствованный к тому времени государственный аппарат. Несмотря на внедрение Прокоповичем практик, кажущихся протестантскими, его представления о церкви соответствовали православной традиции – достаточно сказать об энергичной защите им почитания икон, святых и мощей. «Духовный регламент» определял внутреннюю организацию и деятельность церкви вплоть до 1917 года.
В течение двух следующих поколений большинство епископов Русской православной церкви были украинского или белорусского происхождения (свыше 67 % в 1700–1762 годах); они вносили в православие живую струю, что видно по составленным ими семинарским учебным программам, их трудам и проповедям. Как указывает Андрей Иванов, русское духовенство очевидным образом уклонялось от того, что считало крайностями европейской религиозной мысли эпохи Просвещения – деизма, антиклерикализма, чрезмерного рационализма. Но многие тенденции казались ему привлекательными. В пиетизме и англиканстве оно находило просвещенную духовность, попытку объединить науку и рациональное мышление с верой, не отрицая откровения. Нравственная философия православия требовала уделять особое внимание личной нравственности и личному благочестию; епископы переводили труды, посвященные созерцательной молитве – авторами их были католики (Игнатий Лойола), протестанты (Иоганн Арндт, Якоб Бёме, Джозеф Холл, Джеймс Херви) и православные, – и включали фрагменты этих работ в свои проповеди.
К моменту воцарения Екатерины русские православные епископы создали развитую теологию и нравственную философию, адаптировав просвещенческий гуманизм к принципам православия и реалиям русской жизни. Основной упор делался на проповеди и наставления, где говорилось не только о благочестии, но и о социальной ответственности. Элис Виртшафтер и Гэри Маркер проследили за тем, как один из виднейших религиозных деятелей эпохи Просвещения Платон Левшин, придворный проповедник при Екатерине, а впоследствии – московский митрополит, привносил в православие характерные для Просвещения понятия. Маркер подробно рассказывает о катехизисе Платона, вытеснившем к концу столетия предыдущие (Прокоповича и Димитрия Ростовского): заимствуя много из светской мысли, его автор неизменно держится главных ориентиров – Бог, спасение, искупление. Виртшафтер показывает, что в своих проповедях, обращенных к придворной знати, Платон использовал просвещенческую концепцию рационального человека для защиты социальных ценностей, свойственных православию. Для знатнейших дворян такие проповеди в устах людей, равных им по интеллектуальным качествам, укрепляли их собственные убеждения: основой последних служили немецкий пиетизм и философия Просвещения, встроенные в православие, которое мало кто решался отвергать.