Проблемой, однако, оставалась бедность приходского духовенства (исключая тех, кто служил в богатых городских приходах). Сельские священники оказывались во власти крестьянских общин, которые выбирали их, наделяли землей, давали содержание, платили за требы. Их возможности для искоренения народных обычаев, катехизации, борьбы с местными порядками были весьма скромны. В течение столетия бедность фактически сделала из приходского священства наследственное сословие – свободных приходов было немного, и они все чаще передавались от отца к сыну. Синод, неспособный предоставить жалованье и пенсии для священников, а также содержание для членов их семей, молчаливо соглашался с этим. Между тем, наилучшим выходом с его стороны было бы назначение на должности самых подготовленных выпускников семинарий, что улучшило бы ситуацию в приходах. К концу столетия с практикой выбора священников общинами было покончено, но они все еще во многом зависели от своих прихожан.
На рубеже XVIII и XIX веков православная церковь вновь стала предпринимать усилия по подготовке приходского духовенства к пастырской деятельности. Семинарскую программу переориентировали на православие и российские реалии, стали уделять больше внимания взаимодействию с верующими, чтению проповедей, катехизации и светскому образованию на приходском уровне. Опасаясь соперничества со стороны старообрядцев и различных сект, стремясь воспитывать крестьянство так, чтобы оно служило оплотом политической стабильности, церковные иерархи ослабили борьбу с народными верованиями, поощряя прихожан участвовать в обрядах и празднествах с учетом сложной по своему характеру религиозности мирян.
Социальные последствия институциональных реформ XVIII века можно разделить на две основные группы. Во-первых, прекратилось типичное для московского периода пополнение духовенства за счет выходцев из различных социальных групп: это касалось и высшего, и приходского духовенства. Законодательство 1760–1770-х годов закрыло эту возможность для податного населения, покончив тем самым с вертикальной общественной мобильностью, тогда как дворяне пренебрежительно относились к церковному служению. Епископы по большей части вели образ жизни, характерный для просвещенных дворян того времени, но в следующем веке, с углублением разрыва между двумя сословиями, это прекратилось. Духовенство, в силу образовательной и культурной слабости, оказалось отделено от остальных групп образованного населения, потенциально способных захватить лидерство. Во-вторых, бурные экономические перемены создавали новые перспективы для образованных, но лишенных места выпускников семинарий: они становились университетскими преподавателями, торговцами, чиновниками в качестве разночинцев.
Раскол XVII века привел к разделению православных в России на меньшинство, придерживавшееся традиционалистских взглядов, и сторонников официальной церкви, но кроме того, открыл обширные возможности для появления доктринальных различий и дальнейшего разделения православного сообщества, которое выразилось в возникновении множества сект. К середине XIX века, согласно оценкам, от официальной церкви отпала шестая часть всех православных. И все же самым устойчивым из раскольничьих течений оставалось старообрядчество, которое разделилось по меньшей мере на две ветви, но сохранило общность вероучения и обряда, существующую по сей день.
В 1690-е годы основные споры в среде старообрядцев велись относительно возможности для православных вести церковную жизнь и совершать литургию в условиях конца времен, когда все рукоположенные священники запятнали себя согласием с никонианской реформой. Так называемые поповцы сохранили духовенство и прежнюю догматику, принимая беглых священников, перекрещивая их и переучивая по своим книгам. Отвергая епископскую иерархию (до середины XIX века, когда некоторые перешли к митрополиту Босно-Сараевскому из Константинопольского патриархата, принявшему старообрядчество), они признавали только пресвитеров. Поповцы пользовались дониконианскими богослужебными книгами, соблюдали дониконианские обряды, почитали святых, признавали все церковные таинства. Первоначально они были сосредоточены на юге и юго-западе, в том числе в местах проживания донских и яицких казаков и в долине Иргиза, где в начале 1770-х годов их поддержкой заручился Пугачев. В эпоху религиозной веротерпимости, начиная от воцарения Екатерины II и приблизительно до 1820 года, поповцы создали полнокровную общину в Рогожской слободе (Москва).