После упразднения многих монастырей в 1764 году началось также возрождение женской религиозной духовности, испытавшей воздействие «нового исихазма» и просвещенного православия. Если раньше многие женщины обращались к старообрядчеству, то теперь они, не порывая с официальным православием, стали находить духовное утешение и социальную поддержку в неформальных религиозных сообществах. Они создавали благотворительные учреждения (детские дома, богадельни, больницы), а их общины становились убежищами для вдовых, престарелых и обедневших женщин.
Образованные духовные лица и миряне, таким образом, имели дело с живым, динамичным православием, в котором традиционно высокая роль откровения и мистической стороны веры сочеталась с рационализмом, характерным для века науки и Просвещения. Однако большинство представителей духовного сословия в этом столетии не обладало образованностью и широтой взглядов епископов, а церковь как институт не распространяла эти идеи среди мирян. Духовенство в основной своей массе состояло из женатых приходских священников и дьяконов, нерукоположенных причетников и прочих церковнослужителей, а также их семей. На протяжении XVIII века они образовали сплоченную социальную группу, во многом контрастировавшую с прочими, довольно «рыхлыми» сословиями. В каком-то смысле их можно было считать привилегированным слоем: представители духовенства, рукоположенные и нерукоположенные, не платили подушную подать и не подлежали отдаче в рекруты (правда, периодически безместных священников и членов их семей государство объявляло «излишними» и переводило в разряд податных либо определяло на военную службу); как и в московский период, они подлежали церковному суду, за исключением самых тяжких преступлений. Но особый статус вел также к исключению священно- и церковнослужителей из светского общества. Духовенство никак не учитывалось в Табели о рангах (1722), его представители не были приглашены в Уложенную комиссию (1767), оно не получило корпоративных привилегий, как дворяне и горожане (1785). Находясь под надзором Синода, оно не смогло извлечь никаких преимуществ из своей особости. Главной причиной была нехватка ресурсов. В течение всего столетия государство подрывало экономическое положение церкви: прямые государственные выплаты духовенству (руга) были отменены, средств, которые поступали после конфискации 1764 года, недоставало, приходские священники не получали жалованья от государства, хотя в 1790-е годы появлялись соответствующие проекты.
Эта нехватка ресурсов сводила на нет усилия Синода по улучшению пастырского служения. Несмотря на повеления Петра I и Екатерины II, система приходских школ так и не была создана, хотя в последние десятилетия XVIII века появились епархиальные духовные школы, готовившие сыновей священнослужителей к поступлению в семинарию. В 1780-е годы большинство епархий уже располагали семинариями, но поступавшие в них, как правило, бросали учиться после двух лет или даже раньше (на 1805 год только 15 % приходских священников прошли полный семинарский курс). К тому же семинарское образование было узконаправленным и не отвечало существовавшим потребностям. Программа, трудная и далекая от практики, была составлена на основе католической схоластики и протестантской теологии, обучение велось на латыни, языке европейских богословских диспутов. Преподавались основы философии Просвещения, но православию как таковому уделялось на удивление мало внимания, а тем более – специфическим для России богословским проблемам, пастырским потребностям и практическим познаниям. Петр I предполагал, что семинарии будут давать религиозные и практические знания умножающемуся чиновничеству, но Синод воспротивился принятию в них мирян: тем самым была упущена возможность создать образованный класс, представители которого могли бы выбирать между гражданской или церковной карьерой. Семинарии не только выпускали священников, лишенных необходимой эрудиции, но и наделяли их особенностями, ограничивающими социальную мобильность: европейские манеры отдаляли их от крестьян и горожан, бедность – от дворян. Недостаточные навыки обращения с паствой не позволяли священникам становиться духовными лидерами. Мещанские взгляды, продажность, грубость – такими были, по общему мнению, отличительные черты служителей алтаря, взимавших непомерную плату за требы и препиравшихся между собой по поводу назначений в приходы. Чтобы поднять их репутацию, Синод во второй половине столетия предпринял меры по улучшению религиозного образования и повышению достоинства священнослужителей, велев им носить подобающие одеяния (ни в коем случае не крестьянское платье) и вести себя цивилизованным образом.