Православная церковь постепенно возвратила себе право владеть имуществом и сохранять независимость от униатской церкви в украинских землях (1607, 1609, 1632). В 1620 году иерусалимский патриарх тайно посетил Киев для рукоположения нового митрополита, архиепископа и нескольких епископов. Вторая половина XVII века в Гетманщине ознаменовалась расцветом православия. Украинские и белорусские священники, представлявшие модернизированное православие, с 1630-х годов руководили церковными реформами и изданием необходимой для этого религиозной литературы в Московском государстве.
Тем не менее, в течение большей части XVII века униатство выдерживало натиск. В белорусских и западноукраинских землях большинство приходов и епископов приняли унию, но на востоке Украины картина была иной. Унию официально поддержали власти Речи Посполитой и Святой Престол, возникли униатские приходы, но ее сторонники на Украине не достигли своих политических целей. Униатские епископы не были допущены в Сенат Речи Посполитой, униатское духовенство не получило освобождения от налогов и судебных привилегий, которыми пользовались польские католические священники. Иосиф Рутский, второй униатский митрополит (1613–1637), предпринял, как и Петр Могила, шаги в сторону конфессионализации, рассчитывая, что униатская церковь будет отличаться и от католической, и от православной. Рутский реорганизовал основанный в 1615 году Василианский монашеский орден по иезуитскому образцу и предпринимал усилия по выработке особого униатского обряда. К концу XVII века в украинских и белорусских землях насчитывалось около 30 василианских монастырей, из которых выходили хорошо образованные униатские епископы. В 1623 году появились новый катехизис и «Правила для униатских пресвитеров», но в целом для унификации вероучения до конца XVII – начала XVIII века делалось немного. В 1670 году униаты обзавелись типографией в Вильне; львовский епископ Иосиф Шумлянский издал там наставления для священников (1687).
На протяжении XVIII столетия конфессионализация заметно продвинулась. В 1720 году собрался униатский Замойский собор. Собравшиеся на него епископы и священники, как и участники Тридентского собора (а также московские «ревнители благочестия» и Никон, чьи усилия, однако, не увенчались таким же успехом) решили унифицировать богослужение. Новые литургические книги вскоре были изданы и посланы в приходы. Собор принял также меры для улучшения образования священников и их попечения о прихожанах, усилил надзор за епархиями и приходами, постановил, что епископ обязан посещать каждый свой приход не реже одного раза в два года. В каждой епархии отныне должна была иметься семинария, в приходах – школы. Не все из намеченного удалось выполнить сразу, но прогресс был налицо.
Как показала Б. Скиннер, в XVIII веке униатская церковь на территории Речи Посполитой благодаря новому руководству и исповеданию веры обрела отчетливую идентичность. Православное вероучение и обряды в основном сохранились: в богослужении и при издании религиозных текстов использовался церковнославянский язык, приходские священники могли вступать в брак, производилось причащение вином и хлебом. Но имелись доктринальные отличия: униаты принимали тезис о двойном исхождении Святого Духа, молились за римского папу на литургии, крестили, по латинскому обряду, обливанием, а не погружением, причащали детей лишь по достижении сознательного возраста (тогда как в православии возраст не имеет значения). Со временем униаты стали читать литургические тексты, наряду с произнесением нараспев, по православной традиции, начали отмечать католический Праздник Тела и Крови Христовых, ввели почитание латинских святых и собственных, униатских, уделяли особое внимание поклонению Богородице в различных формах, что было характерно для посттридентского католичества. Изменился и внутренний вид церквей: во многих исчезли иконостасы, так что священник и верующие все время видели друг друга, как на католических мессах; церковная живопись стала выполняться в постренессансном реалистическом стиле, иконы иногда писались на холсте, а не на досках. Антиминс был, по латинскому обычаю, заменен табернаклем, кое-где даже появились исповедальни и органы.
В XVIII столетии униатство широко распространилось в Речи Посполитой, хотя в Правобережной Украине сохранялись очаги сопротивления. Униатские священники, окончившие семинарии или василианские школы, были лучше образованы, свободно говорили на латыни, польском и церковнославянском, а кроме того, на местных языках – украинском или белорусском. Наблюдалось и большее разнообразие в происхождении, по сравнению с русским и украинским православным духовенством того времени: наряду с сыновьями священников, были выходцы из дворянства и городских сословий. После приобретения Россией Левобережной Украины и части белорусских земель (1654–1667) выяснилось, что в Левобережье нет униатских приходов; белорусских же униатов насильно обратили в православие.