По результатам первого раздела Польши (1772) Россия приобрела обширные территории со значительным населением (включая 800 тысяч униатов, а также католиков и иудеев), и Екатерина II не могла поступать так же бесцеремонно, как ее предшественники в XVII веке. В первые годы после раздела она выставляла себя защитницей религиозной свободы и вместе с прусским королем Фридрихом II оказывала давление на польский сейм, чтобы тот признал права «диссидентов» (то есть протестантского и православного меньшинств) в польско-литовских землях. В своем «Наказе» императрица высказывалась в пользу религиозной терпимости. После раздела, опасаясь, что польский король будет вмешиваться в дела империи, чтобы оказать поддержку католикам, она первоначально вела в белорусских землях довольно осторожную религиозную политику, которую православные иерархи оценили по достоинству. Екатерина запретила насильственное обращение униатов, пообещала оберегать религиозные права католиков обоих обрядов (латинского и униатского) и создала для униатов единую епархию. При этом переходить из униатства в православие разрешалось, хотя Святой Престол считал это отступничеством; русские власти в принципе не желали признавать власть папства в пределах своей страны, как над католиками, так и над униатами.
В то же время позиция Екатерины II как защитницы православия оказалась полезной для обоснования имперской экспансии. Приводя доводы, впервые выдвинутые киевскими деятелями православного возрождения в начале XVII века, императрица и ее идеологи изображали униатов как преследователей православия в Речи Посполитой. Более того, провозглашалось, что униатство – вообще не религия, а хитроумная уловка, с помощью которой поляки навязали свою волю православным. С этой точки зрения все восточные славяне – украинцы, белорусы и русские – являлись одним народом, объединенным языком, культурой, религией и историей. Шестисотлетний период, в течение которого белорусские и украинские земли принадлежали к государству, в 1569 году принявшему название Речи Посполитой, считался малозначительным обстоятельством. Эти воззрения стали идеологической основой для запугивания униатов в 1780-е годы и для открыто принудительной политики после окончательного уничтожения Речи Посполитой в 1790-е годы.
По итогам второго раздела Польши (1793) граница России стала проходить на 400 километров западнее. Империя включала теперь большую часть украинских земель. На новоприобретенных территориях проживало более трех миллионов человек, в том числе около двух миллионов униатов. После третьего раздела (1795) в составе России оказались все украинские земли, западная Белоруссия и территории, населенные литовцами. Это дало 1,2 миллиона новых подданных, включая множество униатов. Время было напряженным: три державы – участницы разделов стерли Польшу с географической карты, несмотря на ожесточенное сопротивление поляков, и образовали союз против революционной Франции; все попытки восстания со стороны поляков в дальнейшем решительно подавлялись. Униатские приходы, находившиеся под сильным польским и католическим влиянием, попали под подозрение. В этих обстоятельствах Екатерина была готова применять насилие в большей мере, чем ранее, и в 1794 году началась «миссионерская» кампания, сводившаяся к насильственному обращению. Собственность всех униатских епархий, кроме одной (Полоцкой), подверглась конфискации. В Правобережье, где давно существовало сопротивление униатской церкви (поощряемое русскими православными иерархами и монастырями Левобережья), эта кампания привела к переходу в православие более миллиона человек. Но в остальных местах она встретила отпор. Униатское духовенство отказывалось принимать православие, русских же священников, которые могли бы сравниться с униатскими по образованности и знанию языков, было немного. Местные землевладельцы и чиновники, как и прихожане, отказывались участвовать в переосвящении униатских церквей и восстановлении православных обрядов. Многие в знак протеста продолжали совершать униатские богослужения, теперь уже подпольно. Православная же церковь, со своей стороны, не располагала необходимыми средствами для выполнения этой масштабной задачи: не хватало не только священников, но и религиозных книг на местных языках, чтобы знакомить униатов с православным вероучением, которое заметно изменилось с 1596 года.