Оренбургская экспедиция (1734–1744) с первого взгляда могла показаться научным и картографическим предприятием, но в действительности она являлась мощным орудием политического угнетения. Возглавляемая картографом Иваном Кирилловым (1689–1737), она состояла из ученых, которым поручили составлять карты, описывать растительный и животный мир, создавать условия для прибытия новых поселенцев, а главное – основывать укрепленные города и линии, о которых говорилось выше. Все это было частью плана по окружению башкирских земель. Экспедиция основала Оренбург на берегах Яика (1735), в самом сердце области башкирских пастбищ (позднее, в 1741 и 1743 годах, он переносился ниже по реке), и начала работы по строительству укреплений. Настойчивые захваты земель, а также стремление сократить число мусульманских старейшин и усилить контроль русских властей над исламом привели к Башкирскому восстанию (1735–1737), которое Кириллов подавил с необычайной жестокостью. Более 300 башкирских деревень были сожжены, около 30 тысяч человек, включая женщин и детей, – убиты, посланы на каторжные работы либо зачислены в пехотные части, рассеянные по всей империи. По оценкам, речь идет о 12–14 % тогдашнего населения Башкирии. После разгрома восстания Россия стала более жестко контролировать систему самоуправления башкир и создала на их землях новую губернию – Оренбургскую. В 1743 году Оренбург стал основным таможенным постом для сибирской торговли, и караваны стали приходить туда вместо Астрахани. Таким образом, Россия вела систематическую работу по урезанию автономии башкир и установлению русского контроля над этими территориями, используя разнообразные стратегии, которые предусматривали перемещение населения, военные и административные меры.
Башкиры оказались окружены не только оборонительными линиями, но и переселенцами. Для защиты новых линий в 1755 году было создано Оренбургское казачье войско, объединившее казаков Самары и Уфы, поощрялось заселение территорий вокруг Оренбурга. Людей перемещали насильно или заманивали привилегиями в виде владения землей и крепостными. В эти края устремились русские дворяне на покое, обращенные в православие калмыки и джунгары, украинские и русские крестьяне, однодворцы с Гетманщины и Слобожанщины, польские шляхтичи из недавно занятого Полоцка. Происходила и миграция на добровольных началах: здесь оседали государственные крестьяне, однодворцы, беглые крепостные, а также татары, чуваши, мордва из Среднего Поволжья и с севера Башкирии. Чтобы привлечь в Оренбург татарских купцов из Казани и бухарских торговцев, их соблазняли различного рода привилегиями. Прибывали и русские землевладельцы – в 1649 году им запретили покупать башкирские земли, но они все равно делали это (или попросту захватывали их). Об этом пишет Сергей Аксаков в «Семейной хронике» (1858), полухудожественном повествовании, рассказывая о поселении своего деда в Башкирии.
К середине 1740-х годов в башкирских землях уже насчитывалось более 50 тысяч переселенцев восточнославянского происхождения. Затем процесс еще более ускорился, и в считаные десятилетия их число почти удвоилось. За 18-е столетие население Башкирии выросло на 64 % и стало этнически разнородным: башкиры, русские, татары, чуваши, черемисы, вотяки, мордва, бухарцы. Оренбург в это время был преимущественно русским городом. Русских землевладельцев насчитывалось вдвое больше, чем башкирских и татарских, вместе взятых. Крестьяне как Северной, так и Южной Башкирии участвовали в оживленной экспортной торговле зерном. Южный Урал же оставался в основном районом скотоводства, кочевого и оседлого: башкиры, уральские казаки и казахи разводили здесь лошадей, овец, коров, коз и верблюдов. Однако и в этих землях оседали крестьяне, занимавшиеся земледелием. Если в 1719 году башкиры составляли 71 % населения в историческом ареале своего обитания, то в 1795-м – всего 20 %, а доля русских выросла до 40 %.
Башкирам наносили прямой урон переселение извне и усиливавшийся политический, экономический и религиозный контроль России. Религиозная политика последней вела к росту напряженности. Комиссия, которой было поручено обращение в православие народов Среднего Поволжья и Урала, с 1731 по 1764 год оказывала давление на мусульман – она встречала сопротивление, прежде всего со стороны башкир, но не отказывалась от своих методов. В своих наказах Уложенной комиссии (1767) башкиры часто просили разрешить постройку новых мечетей и религиозных школ.