Те, кто сопротивлялся обращению, подвергались экономической дискриминации. Землевладельцы-мусульмане (татары), отказывавшиеся переходить в православие, теряли свои угодья и становились однодворцами, а то и крестьянами-налогоплательщиками. К концу XVIII века татарская элита, ранее владевшая большей частью земель в Среднем Поволжье, в значительное мере утратила свои позиции; многие из тех, кто остался верен исламу, сделались купцами и предпринимателями в Казани, участвуя в торговле между башкирами, казахами и Российской империей. Этническое самосознание татар начало формироваться в 1760-е годы, когда Екатерина II отказалась от насильственной христианизации мусульман – как под влиянием гуманистической идеологии Просвещения, так и из желания видеть татарских купцов посредниками в торговле с Китаем и странами Средней Азии. Татары, принадлежавшие ко всем социальным слоям, от князей до крестьян, начали создавать по всей империи сети контактов, торговые и культурные; они образовывали немалое по численности меньшинство населения на Южном Урале и Северном Кавказе и большинство – в Крыму. Татарский культурный ренессанс в масштабе всей страны состоялся после вхождения в ее состав Крыма с татарским населением (1780-е годы), которое установило связи с казанскими татарами. Черемисы (марийцы) и чуваши, не принявшие православие, испытывали влияние татарской культуры, исламской по своей сути – независимо от того, оставались ли они в Среднем Поволжье или переселялись в район Оренбурга.
В Башкирии русские действовали примерно таким же образом, стремясь потеснить местных землевладельцев и поселить на этих землях лояльных России крестьян-налогоплательщиков. Настал расцвет металлургии: с 1699 по 1725 годы на Урале появилось 18 крупных заводов, к которым было приписано свыше 5000 крепостных. В 1721 году Петр I предоставил недворянам право владеть крепостными, чтобы покупать крестьян для работы на подобных предприятиях. Эти рабочие прибывали вместе с семьями, что привело к заметному росту численности неместного населения в Башкирии. В Башкирии размещались крупные склады, обеспечивавшие караванную торговлю со Средней Азией; на севере и западе имелись плодородные земли. Переселенцы прибывали и в Южную Башкирию, но большую часть ее территории по-прежнему занимали пастбища, где пасся скот кочевников.
Строительство укреплений в Башкирии преследовало разнообразные цели: обеспечить спокойствие вдоль торговых путей, ведущих в Среднюю и Восточную Азию, предотвратить бегство русских налогоплательщиков в степи, подорвать политическое единство башкир. Закамская черта, сооруженная в 1650-х годах, утратила свое значение, и к началу 1730-х годов возникла параллельная ей линия, проходившая южнее, в направлении северо-запад – юго-восток, от Красного Яра близ Самары до Мензелинска в среднем течении Камы: она разрезала надвое Северную Башкирию. В 1730-е годы была закончена большая оборонительная линия в форме дуги, которая пролегла через калмыцкие и казахские степи, в том числе через владения яицких казаков – от устья Яика до Оренбурга. Тогда же появилась Самарская линия, которая шла южнее реки Самары, вдоль нее, от Красного Яра до Оренбурга, где соединялась с линиями, простиравшимися в Западную Сибирь. В 1750-е годы, таким образом, уже существовали линии протяженностью 3500 километров от устья Яика до Алтая. Все эти колоссальные по объему работы финансировались за счет подушной подати, которой были обложены мордва и татары в Среднем Поволжье.
Россия пользовалась разногласиями между башкирами, чтобы окружить их на их же собственных землях. Как правило, башкиры, проживавшие на севере, более оседлые и нередко состоявшие на русской службе, были менее склонны к восстаниям, чем те, которые населяли южноуральские земли и вели преимущественно кочевой образ жизни. Но все они были способны объединиться, имея одинаковые причины для недовольства – чрезвычайные поборы, земельные захваты. Так, в 1705–1711 годах башкиры восставали в ответ на увеличение ясака и количества лошадей, которых у них забирали для ведения Северной войны. В эти же годы и по этим же поводам вспыхивали мятежи в Астрахани и среди донских казаков.