Тем не менее, в XVIII веке Башкирия была не так сильно интегрирована с центром, как Среднее Поволжье, различные социальные группы имели неодинаковый статус. В отличие от того, что наблюдалось у многих народов Среднего Поволжья, беднейшие башкиры и другие обитатели региона не были превращены в государственных крестьян (с последствиями в виде подушной подати и рекрутчины): они платили ясак, причем в меньшем размере, чем другие нерусские народности, и даже тептяри (нерусские, обрабатывавшие земли башкир) платили более легкий оброк, чем государственные крестьяне славянского происхождения. Башкирская элита сохранилась, действуя как посредник на «срединной земле». Россия дала ее представителям возможность сохранить свой статус: некоторые служили в милиции на Закамской оборонительной линии, не платили ясака и носили почетный титул тархана. Так называемые «верные башкиры» служили бок о бок с русскими в Оренбурге, как и мещеряки (мишари), татары, перешедшие на русскую службу после взятия Казани; многие селились возле Уфы, в центре Башкирии. Башкирские и мещерякские землевладельцы контролировали местное самоуправление, в которое московские власти почти не вмешивались.
Административная реформа 1775 года, осуществленная здесь в 1781-м, способствовала привлечению башкир на русскую службу. От обширной Оренбургской губернии отделили новую, Уфимскую, в составе 12 уездов; обе находились под управлением генерал-губернатора. Как и в Европейской России, в Уфе и Оренбурге появились земские суды для элиты, судебные палаты по уголовным и гражданским делам, совестные суды. В них заседали жители башкирских деревень и представители других сообществ – как на высшем, так и на местном уровне. В десяти уездах создавались суды низшей инстанции (расправы) для башкир и других коренных народов, а также государственных крестьян. Основой для их деятельности служили шариат и местные обычаи. Одной из целей этого был подрыв могущества башкирских элит. Образованные в результате реформы полицейские и судебные органы обычно заполнялись офицерами, русскими и башкирами, так как русских землевладельцев в этих краях было немного (лишь в пяти уездах из 12 их оказалось достаточно, чтобы создать дворянские земские суды).
Еще одним инструментом привлечения местного населения на сторону России стало Оренбургское магометанское духовное собрание (1788), на самом деле находившееся в Уфе. Оно избирало главу всех мусульман России – муфтия и являлось посредником между российскими властями и мусульманским сообществом. Теоретически власть его распространялась на приверженцев ислама во всей империи – в Среднем Поволжье, на Урале, в Сибири, в степных областях и в Европейской России. Собрание и муфтий должны были наблюдать за брачными, разводными, наследственными делами, решать административные вопросы, содействовать формированию лояльности к государству и династии. Собрание издавало законы для мусульман, наблюдало за мусульманскими учебными заведениями, назначало мулл и религиозных учителей согласно единообразным процедурам; в свою очередь, государство финансировало строительство мечетей и медресе в Уфимской и Оренбургской губерниях. Благодаря этой реформе Россия получила административный доступ к башкирской общине и определила формы взаимодействия империи с проживавшими в ней мусульманами.
Наконец, Россия, как и везде, использовала военную администрацию для поиска и воспитания верных ей слуг. В 1798 году было создано Башкиро-мещерякское войско – воинское формирование казачьего типа, состоявшее в основном из мусульман. Для его комплектования образовывались башкирские и мещерякские кантоны. Как и оренбургские казаки, башкиры и мещеряки несли службу на укрепленных линиях и призывались на двухлетний срок. На Оренбургской линии выплачивалось ежегодное жалованье в размере 10–20 рублей, а на более подвижной Сибирской линии – 30–50. На 1767 год в Оренбургской провинции насчитывалось 195 тысяч башкир, 94 тысячи крестьян восточнославянского происхождения, 60 тысяч представителей аристократии, 10 тысяч отставных солдат и 49 тысяч казаков. Таким образом, хотя башкиры постепенно подвергались окружению и интеграции в общеимперскую жизнь, в XVIII веке они держались за свое традиционное занятие (военное дело) и за свои земли.
Оборонительные линии, протянувшиеся от места впадения Яика в Каспий до Усть-Каменогорска на Иртыше – это более 3000 километров, – стали границей между Россией и степными народами, с которыми она неустанно стремилась установить стабильные отношения, в перспективе подразумевавшие ее господство. Процесс шел, но в XVIII веке еще не завершился, так что граница стала, по сути, «срединной землей». Охранять ее помогали казачьи отряды, создававшие в то же время свои проблемы. Продвигаясь к Каспию, Россия преследовала те же цели, что и в предыдущем столетии, когда, приближаясь к причерноморским степям, строила укрепленные линии: защититься от набегов, добыть плодородные земли, подходящие для земледелия, предотвратить бегство крепостных.