Победа в русско-турецкой войне 1768–1774 годов дала возможность уничтожить Запорожскую Сечь как административный центр казаков. Встревоженная проявлениями недовольства – волнениями в Правобережной Украине, Новороссии и Запорожье в конце 1760-х годов, бегством калмыков в 1771-м, мятежом яицких казаков в 1772-м, Пугачевским восстанием 1773–1775 годов, в котором участвовали башкиры, ногайцы, яицкие казаки и уральские крестьяне, – Россия решила разделаться с казачьими войсками. Несмотря на то что запорожцы преданно сражались на стороне России в войнах с Турцией, в июне 1775 года русские войска, возвращаясь с полей сражений в Причерноморье, сровняли сечевую крепость с землей. Немало представителей старшины подверглись аресту, многие оказались в Сибири. Запорожцы массово зачислялись в русские казачьи войска в качестве рядовых казаков, некоторые стали свободными крестьянами, около 5000 пошли на службу к турецкому султану и осели в дельте Дуная. Земли, принадлежавшие выселенным казакам, были розданы русским дворянам, а также поселенцам – украинцам, русским, сербам. Некоторые запорожцы вернулись на русскую службу после войны с Турцией 1787–1791 годов, обосновавшись в Очаковской степи близ Херсона, однако в 1792 году, после победы, Россия переместила их на Кубань, где было создано Черноморское казачье войско.
После присоединения Крымского ханства его территория вошла в состав чрезвычайно обширного генерал-губернаторства, раскинувшегося от Днестра до Северного Кавказа и Саратова и включавшего три губернии – Екатеринославскую, Вознесенскую и Саратовскую, – а также Крым в качестве отдельной области. Донские казаки удержали за собой свои земли, находясь под контролем Потемкина, доверенного лица Екатерины II и умелого строителя империи. Во всех трех губерниях на протяжении 1783–1784 годов была осуществлена административная реформа 1775 года, появились нижние земские суды с избираемыми на местах членами, так как русских дворян в этих краях было немного. В 1796 году население Екатеринославской и Вознесенской губерний было на 80 % русским и украинским. Рабочей силы не хватало, поэтому землевладельцы не могли принудительно вводить здесь крепостное право, а повинности крестьян были более легкими, чем в центре.
Слободская Украина была интегрирована в течение XVIII века аналогичным образом. Ранее здесь существовало традиционное казачье самоуправление – пять территориальных полков, в которых все пользовались обычными для казаков правами (отсутствие подушной подати, свобода винокурения и торговли). Слободские казаки верно служили России, принимая участие в военных кампаниях против Персии, Речи Посполитой и Османской империи. Тем не менее, с 1730-х годов Россия начала ограничивать численность реестровых казаков в этой области, переводить рядовых казаков в разряд налогоплательщиков, размещать на Слобожанщине регулярные части. Параллельно с этим шел тот же процесс, что в Запорожье и Башкирии: пришлых становилось больше, чем слободских казаков. В конце XVII столетия там проживало 120 тысяч человек, а в 1773 году – уже 660 тысяч; прирост достигался в основном за счет крестьянской колонизации.
В 1763 году на Слобожанщине была введена подушная подать для крестьян, не принадлежавших к числу казаков, а в 1765-м Россия упразднила ее автономию. Вместо Слободской Украины возникла Харьковская губерния, в 45 уездах которой действовали российские законы и была введена российская судебная система: прокуроры, суды различных инстанций, четыре гражданские и уголовные палаты в качестве верхней инстанции. Города получили управление по российскому образцу. В 1770-е годы пять слободских полков были включены в регулярную армию, представителям старшины даровали русское дворянство, а 60 тысяч рядовых казаков и землепашцев стали солдатами или податными государственными крестьянами. В 1780-е годы здесь прошла административная реформа, стали действовать жалованные грамоты городам и дворянству. В 1783-м для всех крестьян ввели подушную подать, а для государственных крестьян и казаков – оброк. Фактически это означало закрепощение украинских крестьян, которые были прикреплены к своему месту жительства.