Заключив договор с датским королем, Иван III предусмотрительно отсрочил начало войны со Швецией, завершил войну с Александром Казимировичем и начал подготовку «новгородской акции». Рассчитанная на внешнее восприятие и широкий общественный резонанс, она проводилась очень тщательно еще и потому, что для ее реализации сложно было найти убедительный — разумеется, с точки зрения западноевропейца — правовой аргумент. Если бы дело касалось только русских людей, безоговорочно признававших самодостаточность великокняжеской воли, Иван III обошелся бы без таких мер, но «новгородскую акцию» предполагалось широко продекларировать в Ливонии и «за морем», без чего задуманный великим князем план терял смысл. В сентябре 1494 г. в Москву прибыло посольство ливонских городов, возглавляемое Г. Реммелингроде и Т. Шрове, которое подоспело как нельзя кстати, чтобы обеспечить великому князю исполнителя роли ответчика и вестника в задуманном им «спектакле». Его закулисная подготовка — переброска войск к ливонской границе и отправка в Новгород приказа о закрытии Немецкого подворья — к тому времени уже шла полным ходом. Еще более удачным совпадением стало получение великим князем известия о казни русского купца в Ревеле, которое прекрасно вписалось в общую тональность обвинений, выдвинутых Иваном III в адрес ливонских ганзейцев.
Официальная московская версия закрытия Немецкого подворья в ноябре 1494 г. которая сводила суть проблемы к произволу и беззакониям, будто бы совершаемым в ганзейских городах в отношении послов и прочих подданных великого князя, отличалась схематизмом, тенденциозностью, бездоказательностью, но при этом прекрасно вписывалась в образ защитника православия, каким видел себя великий князь. Все это наводит на мысль о надуманности такого рода обвинений или, что более вероятно, о сознательном преувеличении их числа и искажении характера инцидентов. Тем не менее эти обвинения легли в основу историографических штампов, повествующих о дискриминации русской торговли и русских купцов в ливонских городах. Вместе с тем ливонская документация 1490-х гг. демонстрирует факт небывалого ранее притока русских купцов в города Ливонии, который противоречит данным высказываниям и позволяет утверждать, что обвинения московских властей, рефлекторно воспринятые ливонскими и ганзейскими источниками, служили всего лишь камуфляжем истинных, скрытых пружин политики великого князя Ивана III.
После закрытия Немецкого подворья, ареста ганзейских купцов в Новгороде, последовавшего за ним задержания русских «гостей» в Риге и Ревеле, а также из-за ганзейских запретов на торговлю с русскими купцами русско-ливонская торговля не могла более сохранять свои традиционные формы. Вопреки положениям Новгородской шры, которые предписывали в случае закрытия подворья и ареста в Новгороде ганзейских купцов прекращать торговлю с русскими вплоть до устранения конфликтной ситуации, ни ливонская, ни русская сторона торговать не прекращали. Наиболее посещаемыми местами товарообмена теперь стали населенные пункты, расположенные в непосредственной близости от русско-ливонской границы, — Дерпт, Нарва, Пернау, а также русские села вдоль устьев Луги и Невы. Примечательно, что русские не прекратили совершать торговые поездки в Ливонию, хотя после закрытия Немецкого подворья и ареста ганзейцев, после которых условия торгового мира 1487 г. могли считаться аннулированными, у них были основания во время пребывания в этой стране опасаться за свои товары, свободу и даже жизнь. Однако предпринимательские интересы и жажда барыша оказались сильнее, да и ливонские ландсгерры, среди которых первое место занимал магистр Ливонского ордена Вольтер фон Плеттенберг, не препятствовали развитию «необычной» торговли, справедливо полагая, что она поможет предотвратить дальнейшую эскалацию русско-ливонского конфликта. В результате купцы из русских городов вплоть до начала в 1501 г. Русско-ливонской войны по приезде в Ливонию пользовались правом «чистого пути», пребывая под защитой городского права и орденских чинов. Последнее, впрочем, не исключало печальных инцидентов, когда русские купцы становились жертвами мошенничества или разбойных нападений, которые носили криминальный характер и не имели ничего общего с торговой дискриминацией. Число такого рода эксцессов возрастало, что было обусловлено расширением русско-ливонской торговли. Вместе с тем все эти прискорбные случаи имели эпизодический характер, вызывали адекватные действия ливонской администрации и фактически не влияли на развитие русско-ливонских торговых связей.