Нараставшее сопротивление режиму со стороны рабочих и крестьян, брожение в рядах интеллигенции стало основой создания различных партий. Группа «Освобождения труда» во главе с Плехановым Г. В. весной 1900 года вышла из «Союза русских социалистов» и возглавила самостоятельную организацию «Социал-демократ». Возобновилось издание газеты «Освобождение труда». Группа Плеханова в основном занималась теоретической борьбой с антиреволюционными элементами, а центральной идеей Ленина было создание боевой революционной партии пролетариата. В апреле 1900 года была создана газета «Искра» для формирования партии, призванной руководить рабочим движением в масштабе всей страны. Разобравшийся в намерениях искровцев департамент полиции в 1901–1902 годах обрушил на организацию серию ударов. За тюремной решеткой оказались агенты «Искры» в Петербурге, Одессе, Вильно, Киеве, Москве, были разгромлены ряд типографий. Впоследствии они были восстановлены, и поток «Искры» из-за границы усилился. Шла борьба за завоевание местных социал-демократических организаций.
В 1902 году вновь начались бурные выступления студентов с участием рабочих в Киеве, Петербурге, Москве, других городах на политической основе. Инициатива в движении переходила к рабочим. Пролетариат Закавказья, имеющий многонациональный состав, насчитывающий более 100 тысяч человек, выступил единым фронтом за свои права против капиталистических и полуфеодальных методов эксплуатации. В феврале 1902 года началась 18-дневная забастовка рабочих нефтеперегонного завода Манташева, которая закончилась победой. В мае этого же года прошли массовые политические демонстрации в Баку, Сормове, Ростове-на-Дону, которые были жестоко подавлены. Рабочее движение началось в Златоусте и в других регионах страны.
В марте 1902 года начались в Полтавской, Харьковской губерниях волнения крестьян, которые распространились на Киевскую, Пензенскую, Орловскую, Саратовскую, Новгородскую, Черниговскую губернии, на Кубань и Кавказ. Восстания были жестоко подавлены. В знак протеста организаторы подавления восстания министр внутренних дел Д. С. Сенягин и губернатор «Златоустовской бойни» Н. М. Богданович были застрелены. Было организовано покушение на Харьковского губернатора И. М. Оболенского.
В начале 1902 года земское оппозиционное движение усилилось в связи с учреждением под председательством С. Ю. Витте «Особого совещания о нуждах сельскохозяйственной промышленности». Земство в этом не принимало участие. Созданная программа «Особого совещания» предусматривала уравнивание крестьян в личных правах с другими сословиями, освобождение крестьян от чиновничьей опеки, отмену телесных наказаний, свободу слова, печати и т. д. В ней ничего не было сказано о земле и решении аграрного вопроса. Началась серия оппозиционных выступлений земских деятелей. Наряду с репрессиями, царское правительство пошло на заигрывание с ними.
1 июня 1903 года в Баку забастовали рабочие завода Хатисова из-за того, что администрация завода не выполнила обещание повысить зарплату. Их поддержали рабочие других предприятий. 5–8 июля число бастовавших превысило 40 тысяч человек. Стачка носила организованный характер с политической и экономической направленностью, проходила под руководством Бакинского политического комитета РСДРП. Лишь силой оружия удалось сломить борьбу бакинского пролетариата. Добившись единства действий рабочего класса в границах одного города, социал-демократические комитеты не смогли обеспечить такого единства в масштабе крупного региона, тем более страны.
Широкие протесты крестьянства на рубеже XX столетия возникли на окраинах России в связи с изъятием земель у населения для передачи в пользование царского двора или в колонизационный фонд для казачьей и крестьянской колонизации, а также в увеличении налогов и прямых поборов, закрытием школ и культурных учреждений, что в особо широких масштабах особо наблюдалось в Армении.
Борьба армянского народа встретила поддержку у русских, азербайджанцев, грузин. Неспокойно было и в Сибири. С 1896 года по 1901 год царское правительство приняло ряд законов по изъятию земельных «излишков» у сибирского населения в пользу царского двора и в колонизационный фонд. Началось грандиозное наступление на землепользование бурят, эвенков, алтайцев. Всего в распоряжение кабинета министров перешло более 30 млн десятин земли. Власть местных бурятских нойонов, алтайских зайсанов и т. п. урезывалась. Все это вызывало брожение, в том числе, и со стороны местных феодалов. На Алтае, где в пользу двора изымались 6 млн десятин земли, движение приняло религиозную окраску. Всеобщее возбуждение, вызванное царскими законами, произошло и в Иркутской, Енисейской, Томской и Табольской губерниях.