Едва успели бухарские джадиды создать свои организации, как 23 декабря 1910 года в возрасте 51 года скончался Абдул-Ахад. Трон без каких-либо инцидентов занял его сын и признанный наследник Саид Мир Алим 1880 года рождения. Алим был еще лучше знаком с русской жизнью, чем его отец, поскольку в юности провел четыре года в Николаевском кадетском корпусе Петербурга. В его библиотеке хранились книги русских авторов, и сам он, как и его отец, был частым гостем в России и благотворителем на пользу русских дел. Но у себя дома он оказался куда более слабым правителем, чем Абдул-Ахад, и куда сильнее подверженным чужим влияниям. В течение первых трех с половиной лет своего царствования Алим старался держаться средней линии между фанатичным духовенством и сторонниками реформ, имея в виду не столько немногих местных критиков его режима, сколько многочисленных русских. С одной стороны, в 1912 году он попросил политического агента запретить газеты джадидов и не разрешал школам нового метода работать открыто. С другой, не делал попыток закрыть подпольные школы, хотя все знали об их существовании. Вступив на престол, Алим распорядился провести ряд реформ, направленных на искоренение коррупции среди представителей власти. Он запретил делать подарки эмиру, его придворным или гражданским служащим. Так, казням запретили брать больше причитающейся им по закону платы, а жалованье военным и всем наемным религиозным и светским чиновникам было увеличено. Манифест, провозглашавший эти реформы, произвел хорошее впечатление как в ханстве, так и в России, но, несмотря на то что жалованье наемным государственным служащим действительно было увеличено, другие пункты так и не были выполнены, а в Центральной и Восточной Бухаре манифест даже не стал достоянием общества. В начале 1911 года Алим ответил на прошение учащихся, приказав кази-калану разобраться и устранить злоупотребления администраций медресе, но решительное сопротивление мударрисов (старших преподавателей) вынудило эмира отказаться от проведения этой реформы. Когда духовенство убедило эмира и 5 июля 1914 года он приказал закрыть пять или шесть школ нового метода, работавших в ханстве полуподпольно, стало казаться, что религиозные фанатики в конце концов взяли верх над критиками режима.
Начало Первой мировой войны, случившееся через две недели после указа о закрытии реформистских школ, на время приостановило деятельность джадидов. Тесные связи реформаторов с османскими турками, которые в ноябре 1914 года вступили в войну на стороне Центральных держав (Центральные державы (Четверной союз): Германия, Австро-Венгрия, Османская империя (Турция), Болгария. –
Сама Бухара, как ортодоксальное мусульманское государство, пребывала в некотором смущении после прокламации султана-халифа о священной войне против Антанты. Тем не менее эмир Алим продемонстрировал свою лояльность России, пожертвовав несколько миллионов рублей на военные расходы русских. В сентябре 1916 года он совершил поездку на фронт, чтобы лично преподнести императору в дар миллион рублей. Дома в Бухаре власти доказывали свою лояльность, подавляя любую оппозицию, запрещая чтение газет и обсуждение текущих событий. Летом 1915 года, когда русская армия быстро отступала по всему фронту от Курляндии до Галиции, кушбеги собрал 15 ведущих бухарских либералов, строго отчитав их за обсуждение политики и поражений русских, и заставил дать письменное обещание воздержаться от чтения газет. Годом раньше во время широкомасштабного восстания местных жителей в Туркестанском генерал-губернаторстве агенты эмира сновали по всей Бухаре, категорически запрещая людям даже говорить о восстании по ту сторону границы. Вероятно, не меньше, чем избежать распространения бунта на территорию ханства, Алим стремился избежать любых подозрений со стороны России, что Бухара поддерживает бунт.