Под надзором коммунистов временный революционный комитет взял на себя управление и провел выборы во II Всехорезмский курултай народных представителей. Собравшийся в мае курултай избрал новое правительство, которому предстояло исправить ошибки младохивинцев. Курултай объявил амнистию для всех восставших туркмен и утвердил право каждой национальности на местное самоуправление, использование национального языка в школах и судах, а также равную долю земельных и водных ресурсов. В Центральный исполнительный комитет (ЦИК), созданный курултаем, была включена туркменская секция, избранная на съезде туркмен. Кроме того, курултай изменил конституцию, лишив избирательных прав крупных землевладельцев, богатых купцов, высших духовных лиц и всех тех, кто эксплуатировал труд других людей. Фактически второй курултай сам был избран на основании такого же ограниченного избирательного права, установленного после мартовского государственного переворота.
Начиная с весны 1921 года русские держали ситуацию в Хорезме под жестким контролем, проведя по своему усмотрению чистку местной коммунистической партии и якобы независимого правительства. В мае партию сократили до крепкого ядра из 60 членов (сократив 97 человек), а первая чистка правительства состоялась осенью, когда несколько чиновников были арестованы по обвинению в контрреволюционной деятельности. Председатель ЦИК и назир по иностранным делам, оказавшись перед лицом аналогичных обвинений, бежали в лагерь Джунаида в Каракумах.
В Бухаре Россия тоже испытывала раздражение, имея дело с либеральными националистами, не подчинявшимися жесткой партийной дисциплине Москвы. Несмотря на формальное участие в правительстве БКП, Бухара в сентябре 1920 года находилась в руках младобухарцев. Первым председателем ЦИК – пост, эквивалентный посту президента республики, – был Абдулкадыр Мухитдин, один из лидеров младобухарцев в годы их изгнания и сын Мухитдина Мансура, представителя умеренных младобухарцев, возглавлявшего их Центральный комитет весной 1917 года. Трое других сыновей Мансура тоже занимали важные государственные посты, один из них служил послом в Москве. Файзулла Ходжаев занимал пост премьера и назира иностранных дел. После революции 1920 года правительство, где доминировали младобухарцы, разошлось с Центральным комитетом БКП, призывавшим к немедленному построению в Бухаре социалистического общества. На этот раз Россия в лице своего полномочного представителя в Бухаре Куйбышева вмешалась на стороне правительства, и был избран более умеренный Центральный комитет. Однако к апрелю 1921 года баланс сил в Бухаре, по мнению Москвы, слишком сдвинулся вправо, поскольку правящая группа Мухитдина заняла антисоциалистическую и антирусскую позицию по такому важному вопросу, как присутствие в стране войск Советов. Уступив давлению России, более умеренные представители режима под руководством Файзуллы Ходжаева в сентябре заменили Мухитдина на другого младобухарца, Османа Ходжу, до того занимавшего пост назира финансов.
Еще больше усложнило отношения между младобухарцами и их русскими патронами сильное движение басмачей, сформировавшееся в центральных и восточных