Эти события поставили в неловкое положение младобухарский режим, все сильнее расходившийся со своими русскими патронами по вопросу о направлении социальных реформ и в то же время открыто отвергавшийся собственным народом. Летом 1921 года видный младобухарец Мухитдин Махзун перешел на сторону басмачей. Его предательство указало руководству республики, какой непростой выбор им придется сделать в скором времени: остаться либо с русскими, либо с мятежниками, за которыми стоял свергнутый эмир. На какое-то время конфликт разрешился благодаря приезду в Бухару 8 ноября османского героя войны и до 1918 года лидера движения младотурок Энвер-паши. Находившийся в изгнании после поражения Турции от союзников (имеются в виду страны Антанты. –
Тем не менее Энвер-паше не удалось подчинить себе больше 3000 из 16 000 басмачей Центральной и Восточной Бухары, и он кончил тем, что поссорился с Алимом и с Ибрагим-беком, бывшим чиновником эмира в Бухаре. Подобные раздоры в рядах мятежников послужили главной причиной их поражения. Захват Энвером Душанбе и осада Байсуна в феврале 1922 года обозначили высшую точку наступления басмачей, поскольку мятежники так и не смогли взять Байсун и пробиться на западные равнины. В середине июня Красная армия начала решительное контрнаступление, отрезав басмачам пути поставок из Афганистана путем захвата Курган-Тюбе и Куляба. 4 августа вблизи Балджуана Энвер-паша был застигнут врасплох и убит. К концу лета 1923 года после падения Гарма и Калаи-Хумба мятеж можно было считать подавленным, хотя Ибрагим-бек не прекращал своей партизанской войны до 1926 года, когда он вернулся в Кабул и присоединился к Алиму.
После бегства Османа Ходжи и других видных младобухарцев к басмачам в ноябре 1921 года правительство БНСР оказалось в руках тех, кто, как Файзулла Ходжаев, предпочел зависеть от русской поддержки, но сохранить власть, вместо того чтобы присоединиться к антисоветскому лагерю. Для большинства из них этот выбор стал меньшим из зол, и они еще надеялись, что смогут вести независимую либерально-националистическую политику. Только один Ходжаев, похоже, искренне принял марксистскую веру своих новых русских хозяев. Но возросшая зависимость от России неизбежно означала и возросшее подчинение России. Несмотря на то что в конце 1921 года младобухарцы по-прежнему правили, Бухара была во власти России в такой же степени, как Хорезм после мартовского переворота.
Конец и начало
После отстранения от власти младобухарцев и установления полного контроля над тем, что от них осталось, Москва обнаружила, что способы, которыми она контролировала две зависимые от нее центральноазиатские страны, по-прежнему далеки от желаемого. Хорезмские и бухарские лидеры, в том числе коммунисты, не имели достаточной революционной подготовки, чтобы компенсировать тот факт, что их странам, еще больше, чем самой России, не хватало экономических и социальных предпосылок для перехода к социализму. 31 декабря 1921 года русское Политбюро приказало Туркестанской комиссии изучить и рекомендовать способы, которыми бухарское правительство, все еще находившееся в руках младобухарцев, можно было бы преобразовать из «торгашеского» в «рабоче-крестьянское». Через месяц Политбюро и оргбюро совместно создали комиссию, состоявшую из Сталина, комиссара иностранных дел Чичерина и Куйбышева, для изучения доклада Туркестанской комиссии. В этот доклад вошли рекомендации по слиянию БКП с ее родственной партией в России и по более тесной экономической кооперации Бухары, Хорезма и Туркестана в рамках нового Азиатского экономического совета, в котором наряду с ними будет представлена РСФСР. В мае 1922 года Политбюро одобрило слияние Бухарской и Хорезмской компартий с РКП, учредило в Ташкенте Центральноазиатское бюро Центрального комитета РКП и отправило Г.К. Орджоникидзе (председателя Кавказского бюро партии и беспощадного завоевателя Закавказья) в Центральную Азию для «укрепления» и партии, и государства путем проведения в Бухаре и Хорезме решительной чистки.