Музаффара ад-Дина его западные и русские современники оценивали по-разному. Одни, как венгерский ориенталист Вамбери и некий неизвестный русский, который провел несколько месяцев в Бухаре перед самым началом русско-бухарской войны, считали эмира суровым, но справедливым правителем, подававшим своим подданным пример бережливости и набожности. Другие, как Костенко, Шуйлер и Стремоухов, называли Музаффара деспотом, который грабил свой народ и чей слабый характер делал его негодным властителем. Стремоухов был одним из самых жестких критиков эмира, обвинявшим его в том, что он пренебрегает делами государства ради своего гарема и своих
У Стремоухова были серьезные сомнения в надежности Музаффара как союзника. Не имея возможности особо полагаться на лояльность своих подданных, эмиру приходилось постоянно лавировать между своими более могущественными соседями Россией и Афганистаном, чтобы не допустить нападения извне. По мнению Стремоухова, его внешняя политика состояла в том, чтобы примкнуть к тому соседу, который внушает наибольшие опасения. В середине 1870-х годов это означало союз с Россией, но не давало гарантий на будущее. «Было бы большой ошибкой, – уверял Стремоухов, – зависеть от него. Он всегда готов стать как верным союзником, так и заклятым врагом». В 1880 году капитан Арандаренко признал, что Музаффару нельзя полностью доверять и что продолжительность его лояльности зависит от русских войск, стоящих на границах ханства.
Музаффар ревностно защищал и свои прерогативы, и сущность власти, которую сохранял во внутренних делах своей страны. Он всегда пытался добиться от русских послов демонстративного уважения, спешиваясь на максимальном расстоянии от места их встречи с ним. В 1869 году он попытался получить право вести переговоры с Петербургом через голову Кауфмана. В 1883-м пожелал действовать напрямую с Черняевым, минуя Витгенштейна, а в 1884 году снова потребовал разрешения встреч с императором, а не с генерал-губернатором. Однако 12 июня 1884 года министр иностранных дел Гире уполномочил Розенбаха дать понять эмиру, что Ташкент имеет полное право говорить от имени императора. По таким важным вопросам, как рабство, работорговля, почтовая связь, Музаффар успешно сопротивлялся нажиму со стороны русских, а в случае строительства телеграфной линии, чего так добивалась Россия, смог оттянуть решение вопроса на девять месяцев.
Вместе с тем в международных делах, которые интересовали Россию больше всего, эмир доказал свою лояльность и полезность для русской политики в Хиве и в Афганистане. Кроме того, он уделял внимание публичному выражению дружеского отношения к России. 19 февраля 1880 года он отметил серебряный юбилей царствования Александра II, устроив в Карши парад и фейерверк, на котором от лица генерал-губернатора присутствовал капитан Арандаренко. В начале 1880-х годов Музаффар отправил одного из своих младших сыновей, Мансура, учиться в Пажеский корпус Петербурга. В 1883 году Абдул-Ахад привез на коронацию Александра III от эмира много дорогих подарков и 100 000 рублей золотом. Россия была довольна Музаффаром, и в 1883 году инспекционная комиссия под руководством тайного советника Ф.К. Гирса, брата министра иностранных дел, пришла к заключению, что с 1868 года эмир неизменно следовал мирной политике и что между Россией и Бухарой не возникало серьезных проблем и опасных ситуаций. Россия продемонстрировала свое удовлетворение, наградив Музаффара и Абдул-Ахада орденами Святой Анны, Святого Андрея и Святого Станислава.
Ближайшие советники Музаффара разделяли его реалистичный подход к положению Бухары относительно России. Кушбеги Мухаммад-бий и его семья, которая занимала высочайшее положение в бухарской бюрократии, несомненно, заслуживали большого доверия за свою прорусскую ориентацию. Другим членом прорусской партии при дворе Музаффара был Али Мухаммад Каратаев, татарин из Саратова, который жил в Бухаре с 1854 года. Каратаев был придворным часовщиком и, по некоторым сведениям, имел «почти неограниченное» влияние на эмира.