Вопрос оставался нерешенным почти четыре года, пока закон от 15 марта 1893 года не расширил юрисдикцию мирового судьи и вновь не наделил политического агента юридическими функциями. Гражданские дела между русскими и бухарцами были впервые выведены из юрисдикции Бухары. Те дела, где русские как отдельно, так и вместе с местными жителями выступали ответчиками, передавались мировому судье. Те, где ответчиками выступали местные жители, передавались политическому агенту. Политический агент получал право выступать в роли арбитра в гражданских делах между русскими и бухарцами, если обе стороны желали этого и соглашались подчиниться его решению. Преступления и правонарушения, совершенные бухарцами против русских, тоже были выведены из юрисдикции бухарских судов, и политического агента уполномочили вести расследование и судопроизводство по этим делам, хотя делать это полагалось по местным законам и в соответствии с местными обычаями. Наконец, новый закон предоставлял нерусским христианам, проживавшим в Бухаре, те же законные права и обязанности, как русским подданным, в то время как со всеми иностранцами-нехристианами обходились как с подданными Бухары. Закон 1893 года ознаменовал кульминацию уверенного и быстрого процесса расширения русской юрисдикции в Бухаре. Теперь все юридические действия с участием русских любого достоинства проводились, согласно законам России, русским судьей, которым почти во всех случаях был мировой судья. Только те уголовные и гражданские дела, где потерпевшим или истцом был русский, а ответчиком – бухарец, оставались в ведении политического агента, поскольку такие дела потенциально влияли на русско-бухарские отношения и, таким образом, имели политическое значение. После 1893 года в отношении русской юрисдикции были сделаны лишь небольшие дополнения, как те, что вступили в силу 30 мая 1894 года, когда гражданские дела между недавно открывшимся бухарским отделением государственного банка и частными лицами были переданы мировому судье.
Расширенная юрисдикция России и растущее число русских в ханстве привели к быстрому развитию русской судебной системы в Бухаре. 29 ноября 1893 года Петербург приказал перевести мирового судью из Чарджоу в Новую Бухару – центр русской коммерческой и промышленной деятельности. 15 января 1896 года в юрисдикцию мирового судьи передали преступления и правонарушения, совершенные в Бухаре в отношении собственности и доходов российского казначейства. Кроме того, ему были приданы два помощника, чтобы помочь ему справляться с растущим количеством судебных разбирательств. По мере роста потребностей русских поселений создавались дополнительные судейские должности. К 1907 году имелось двое судей в Новой Бухаре и один в Чарджоу. Четвертая судейская должность появилась в 1909 году в Керки, чтобы обслуживать этот город и Термез. В этот период суд Самаркандского округа два раза в год проводил сессии в Новой Бухаре и Чарджоу и один раз в Керки и Термезе. Каждая сессия длилась по меньшей мере три недели.
В соответствии с политикой правительства русские суды в Бухаре усердно защищали интересы местных жителей. Перед тем как в ханстве была учреждена первая должность мирового судьи, на Чарыкова поступали жалобы от русских за его излишнюю беспристрастность. Через десять лет два англичанина, посетившие Бухару, сообщали, что русские суды так популярны у бухарцев, что они часто проделывают долгий путь, чтобы их дела рассматривались русским судом, а не их собственными казнями.
Другой стороной проблемы русской юрисдикции в Бухаре был юридический статус бухарцев в русском Туркестане. В 1883 году комиссия Тирса обнаружила отсутствие единообразия в этом вопросе в практике уездных судов генерал-губернаторства. Некоторые судьи считали, что бухарцев и хивинцев следует судить местными судами, учрежденными для мусульман, но большинство считало, что бухарцев и хивинцев должны судить обычные русские суды. Такая точка зрения порождала проблему, поскольку некоторые преступления, подлежащие наказанию по мусульманским законам, не признавались таковыми согласно русскому Уголовному кодексу. Тирс советовал, чтобы с бухарскими, хивинскими и афганскими подданными обходились как с русскими мусульманами и оставляли в юрисдикции местных судов. В 1886 году это предложение включили в статью 211 «Положения об управлении Туркестанским краем», которая гласила: «Правила юрисдикции над оседлыми местными жителями применяются также к жителям соседних ханств, находящимся в Туркестанском крае (на момент совершения преступления. –