Поскольку проект детальных правил, требуемых по протоколу, уже был разработан в Ташкенте и приложен к соглашению в виде дополнения, согласие эмира являлось простой формальностью. В целом эти правила сводились к фактическому контролю России над русскими поселениями в Бухаре, а власть эмира сводилась к символическому представительству. Поселения подчинялись генерал-губернатору Туркестана, в роли заместителя которого выступал политический агент, и на них распространялись законы и административные правила русского Туркестана. Во многих аспектах русские поселения в Бухаре походили на уезды в генерал-губернаторстве, а все вместе представляли собой административную единицу, напоминающую область с политическим агентом в роли губернатора, отвечавшего перед генерал-губернатором. Местная администрация Новой Бухары находилась в руках гражданского чиновника, назначаемого генерал-губернатором и консультативным советом. Совет состоял из местного русского жителя, выбранного губернатором, политического агента, муниципального архитектора и представителя бухарских властей. В Чарджоу роль главы муниципальной администрации исполнял начальник гарнизона, которому помогал консультативный совет, как и в Новой Бухаре, но без муниципального архитектора, которого в Чарджоу не было. Муниципальная администрация отвечала за частное строительство, общественные работы, гигиену, общественное здоровье, налоги на содержание общественных служб и полиции. В Новой Бухаре генерал-губернатор отдельно назначал начальника полиции, в то же время в Чарджоу этот пост тоже занимал начальник гарнизона.
Русские поселения быстро росли. Чарджоу, как место размещения рабочих и железнодорожных мастерских, база Амударьинской флотилии и перекресток дорог с севера на юг вдоль реки и с востока на запад вдоль железной дороги, было самым крупным поселением. Его численность выросла с 2500 в 1893 году до 8000 в 1910-м и до 15 000 накануне Первой мировой войны. Хотя с коммерческой точки зрения Новая Бухара была важнее Чарджоу, промышленно и политически она росла медленней, достигнув по численности населения 1000 человек в 1891 году, 3000 – в 1910-м и 12 000 – в 1917-м. В третьем поселении, появившемся в конце 1880-х годов в окрестностях железнодорожной станции Керки, в 1891 году жили всего 137 гражданских людей, но к 1910 году общая численность населения достигла 5000 человек, включая гарнизон. В 1897 году русский гарнизон был размещен в Термезе в 130 милях выше Керки по течению, где через три года на 38 квадратных милях земли, переданных эмиром по запросу России, были построены русская крепость и поселение. В годы, непосредственно предшествовавшие Первой мировой войне, общая численность поселения в Термезе составляла от 6000 до 7000 человек, из которых более трети составляли гражданские. В Керки и Термезе, как и в Чарджоу, муниципальное управление возглавляли начальники гарнизона. Новая Бухара была единственным поселением с гражданским главой местной администрации.
Политика обеспечения привилегий для русских в Бухаре, одновременно с этим регулирующая их деятельность, с тем чтобы минимизировать трения с местной властью и, таким образом, защитить жизненно важные интересы Петербурга, подразумевала также регулирование торговли спиртными напитками. В Бухаре, как и во всех мусульманских странах, производство, продажа и употребление крепких напитков было строго запрещено. Однако русский военный и гражданский персонал, который селился в ханстве с 1886 года, привозил с собой и сильную жажду, и способы утолить ее. Чтобы решить проблему, Чарыков разработал и отправил в Министерство иностранных дел свод правил, 25 июня 1889 года получивший одобрение императора. Продажа алкогольных напитков разрешалась только в русских поселениях, на железнодорожных станциях, в вагонах-ресторанах и среди подразделений русских войск в Бухаре. Заниматься этой торговлей могли только русские, имеющие разрешительные документы согласно законам генерал-губернаторства. В этой торговле запрещалось участвовать мусульманам и центральноазиатским евреям, которым также было запрещено продавать или передавать крепкие напитки. Законы ханства запрещали иметь винокурни, а управлять виноградниками российским подданным позволялось только с одобрения как русских, так и бухарских властей.
Русская юрисдикция и экстерриториальность