Условия получения таких наделов послужили основой для разработки общих правил приобретения и управления русскими подданными земель в Бухаре. В письме от 12 января 1887 года генерал-губернатору Розенбаху министр иностранных дел Гире настаивал на необходимости широкой огласки правил, которые отвечали бы политической заинтересованности России в сохранении власти эмира и убедили его, что русское правительство, не имея намерений вмешиваться во внутренние дела ханства, желает защитить его права и права его подданных. Отдельно касаясь приобретения русскими земель в бекстве Чарджоу, Гире оговаривал, что роль политического агента в таких делах «ни в коем случае не должна носить характер давления, что полностью противоречило бы отношениям, установленным между нами и Бухарой, а также правам эмира как законного собственника этой территории».
В марте 1887 года Чарыков разработал требуемые правила, и они были одобрены генерал-губернатором. Правила оставляли договоренности о передаче земли на волю личной инициативы русских подданных, но политический агент обязан был надзирать за всеми договорами, чтобы обеспечить их соответствие заинтересованности России в поддержании статус-кво в ханстве. Политическому агенту следовало быть особенно осторожным при одобрении покупок уже орошаемой и культивируемой земли, чтобы избежать увеличения числа безземельных крестьян, что могло бы иметь нежелательные последствия для политической и экономической стабильности страны. Согласно Чарыкову, «русские подданные могут найти достаточно способов применения своих капиталов и навыков в культивации ныне неиспользуемых земель». Другой особенностью русской политики в отношении покупки земли было то, что преимущество отдавалось приобретению ограниченного числа больших участков, а не большого числа маленьких. Мелкие владения было труднее держать под надзором и контролем, и в то же время их владельцы, имея меньше денег, считались менее надежными в плане гарантий постоянства и успешности и имели больше шансов порождать мелкие проблемы с соседним местным населением.
Еще более важным, чем появление русских предпринимателей от сельского хозяйства, было возникновение первого русского городского поселения в окрестностях железнодорожной станции Чарджоу. Сама станция, а также временные жилища для бригад строителей и постоянные казармы для русского гарнизона были построены в 1886 году. В течение следующего года после обнародования правил приобретения земли началось строительство складов и других коммерческих и промышленных сооружений и частных домов.
В 1887 году генерал Анненков и Чарыков выбрали место для железнодорожной станции Бухара в восьми милях южнее столицы, где вскоре возникло другое русское поселение, названное Новая Бухара из-за близости к политическому и экономическому сердцу страны.
Русское правительство быстро увидело необходимость подчинить русские поселения в Чарджоу и Новой Бухаре правилам, контролирующим их рост и управление, чтобы избежать неприятных трений с Бухарой, которые могли распространиться неконтролируемым образом, а также гарантировать, что интересы самой России – железная дорога, расквартирование гарнизона и флотилия – не пострадают от бесконтрольных действий частных лиц. Задача России состояла в том, чтобы обеспечить контроль над нарождающимися поселениями без видимого ослабления власти эмира над своей территорией. В начале 1888 года Петербург решил последовать примеру соглашений по поводу телеграфной линии и железной дороги и заключить с Абдул-Ахадом новое соглашение о русских поселениях. Министерство иностранных дел подготовило соответствующие статьи, генерал-губернатору было поручено провести переговоры с бухарскими властями, и в июне 1888 года Чарыкова обязали добиться одобрения эмира.