В 1886 году исполняющий обязанности генерал-губернатора генерал Анненков отказался от идеи строительства моста в среднем течении Амударьи в пользу создания на реке постоянной флотилии из двух быстроходных пароходов под контролем генерал-губернатора Туркестана. Флотилия была бы гораздо менее уязвима для нападения, чем мост длиной в три четверти мили. Кроме того, пароходы можно было бы использовать для поддержания связи и снабжения будущего гарнизона в Керки. Несмотря на то что по договору 1873 года Россия получила единоличный контроль над судоходством по участку Амударьи, являвшемуся русско-хивинской границей, а также право свободного прохода по бухарскому участку реки, она прекратила дальнейшие изыскания на Амударье и не пыталась организовать там регулярную навигацию. На фоне не спадающей напряженности между Россией и Британией предложения Гродекова и Анненкова были одобрены, и в конце лета 1887 года два парохода, оснащенные боевыми орудиями, прибыли в Чарджоу по железной дороге. К ноябрю 1887 года они были собраны и спущены на воду и следующей весной начали ходить по реке, используя в качестве опорной базы Чарджоу. С этого времени все девять месяцев, которые река была свободна ото льда, Амударьинская флотилия курсировала между Петро-Александровском и Керки, расположенных на расстоянии 375 миль, и служила линией связи и поставок между этими удаленными аванпостами империи и железнодорожной станцией в Чарджоу. Благодаря этой флотилии отпала необходимость в дороге Чарджоу – Керки, она перестала использоваться и пришла в запустение.
Усиление русской военной позиции на Амударье доказало свою полезность летом 1888 года, когда в Афганистане вспыхнуло восстание Исхак-хана, правителя афганского Туркестана и двоюродного брата эмира Абдуррахмана. В ожидании исхода восстания, которое в случае свержения Абдуррахмана могло иметь серьезные последствия для Британии, Россия увеличила свой гарнизон в Керки. Через несколько месяцев восстание было подавлено, Исхак-хан и многие афганские узбеки бежали через Амударью в Бухару, а сам Исхак-хан нашел убежище сначала в Карши, а затем в Самарканде. После окончания восстания русский гарнизон в Керки сократили с четырех до трех батальонов. Гарнизон в Чарджоу в то время состоял из двух батальонов.
С 1885 по 1888 год граница по Амударье была сценой постоянных мелких стычек между Бухарой и Афганистаном. В конце 1885 года некие бухарские туркмены совершили набег на афганскую границу и угнали несколько отар овец. По настоянию британцев Россия убедила власти эмира добиться возвращения украденных овец. Несколько раз афганские войска вторгались в левобережный Дарваз и переходили Амударью в Кулябе. В январе 1887 года из Бухары в русский Туркестан пришло сообщение, что Абдуррахман готовится провести кампанию к северу от реки. Однако мир удалось сохранить, и самым важным результатом затянувшейся англ о-русской напряженности в Центральной Азии после демаркации русско-афганской границы стало усиление русского военного присутствия в Бухаре.
Русские поселения
Вслед за землемерами, предварявшими строительство железной дороги, но еще до его окончания в Бухаре появились частные русские коммерсанты. Производители русского текстиля, искавшие новые источники сырья, сразу оценили полезность железной дороги, позволявшей быстро и дешево доставлять хлопок из Центральной Азии на русский рынок, а также политического агентства, защищавшего их деятельность. Несколько таких фирм выступили с предложением купить неиспользуемые бухарские государственные земли, расположенные в бекстве Чарджоу по берегам Амударьи, чтобы использовать их для выращивания американского хлопка. Хотя статья 12 договора 1873 года давала России право приобретать недвижимость в Бухаре, до сих пор от этого положения не было никакой пользы. Связанное обязательством поддерживать в стране власть эмира, имперское правительство столкнулось с проблемой совмещения частных интересов своих подданных с интересами русского государства. В 1886 году Абдул-Ахад под зорким присмотром и руководством политического агента передал русским фирмам искомые земли на привлекательных условиях в плане налогообложения, но с соблюдением интересов Бухары. Бухара сохраняла неограниченный доступ и использование пешеходных дорог, идущих вдоль берега Амударьи; новые владельцы и арендаторы несли ответственность за любые убытки, понесенные их соседями-бухарцами в результате строительства дамб или изменения направления каналов, идущих от реки; русским землевладельцам запрещалось отчуждать или закладывать свои наделы. Это положение гарантировало, что земля действительно будет использована для выращивания хлопка.