Беспрецедентный наплыв русских в Бухару с началом строительства железной дороги ставил перед властями империи не только административные, но и юридические проблемы. Из-за огромного всплеска активности русских частных лиц практика, принятая с 1873 года, согласно которой русские, обвиненные в уголовных преступлениях, совершенных в Бухаре, подлежали экстрадиции, а гражданские дела передавались в бухарские суды, стала нецелесообразной. Для уголовных дел требовался более быстрый, чем экстрадиция, способ ведения, а в случае гражданских дел русские не могли рассчитывать на справедливое – в их понимании – решение в судах, подвергавших немусульман дискриминации и совершенно чуждых духу и практике судов в России и на Западе.
Как официальный представитель России в Бухаре политический агент являлся очевидным инструментом юридической власти над своими соотечественниками. 20 мая 1886 года в течение пяти месяцев после открытия политического агентства министр иностранных дел Гире с одобрения императора наделил политического агента полным правом вести уголовные дела русских в Бухаре по образцу российской консульской юрисдикции в Персии и Турции. Однако, поскольку в статьях российского Уголовного кодекса не значилось, что его юрисдикция распространяется на Бухару, положение политического агента оставалось двойственным. Министры иностранных дел и юстиции решили эту проблему с помощью предложения, вступившего в законную силу 27 мая 1887 года. До окончательного определения юридических обязанностей политического агента ему предоставлялась юрисдикция над всеми преступлениями и правонарушениями, совершенными русскими в Бухаре. Он должен был действовать как мировой судья, судья и прокурор на основании власти, данной законом мировым судьям, судьям и прокурорам в уездах русского Туркестана и Самаркандской области.
В начале следующего года Чарыков поднял вопрос о гражданском судопроизводстве, утверждая, что «нужда русских подданных в таком судопроизводстве постоянно растет, а ее отсутствие порождает безнаказанность и бесчинства». Как следствие, 11 мая 1888 года гражданские дела между русскими, проживавшими в Бухаре, были отнесены к юрисдикции политического агента, который при рассмотрении таких дел должен был руководствоваться правилами, установленными для мировых судей генерал-губернаторства. Его решения могли быть оспорены в суде Самаркандской области. Также политический агент должен был исполнять функции мирового судьи в делах о завещании и опеке.
Через несколько месяцев Чарыков понял, что обязанности прокурора и судьи в сочетании с другими его функциями, такими как дипломатический представитель, нотариус, главный управляющий русскими поселениями, выходят за пределы его возможностей. Торжественное открытие движения по Центральноазиатской железной дороге до Самарканда в мае 1888 года тоже вызвало рост судебных процессов с участием русских. Чарыков начал настаивать, чтобы генерал-губернатор Розенбах назначил кого-нибудь из своего юридического департамента для временного исполнения юридических функций политического агента, утверждая, что из-за обилия юридической работы застопорилось исполнение всех остальных его обязанностей. Розенбах ответил, что не в силах помочь, поскольку его юридический департамент подчиняется Министерству юстиции. В конце концов Чарыков предложил Ташкенту учредить должность мирового судьи в Чарджоу и передать ему юридические функции политического агента за исключением дел, касающихся бухарских властей, которые должны остаться в ведении политического агента. В октябре Розенбах переслал предложение Чарыкова министру юстиции.
Результатом усилий Чарыкова стал закон от 9 мая 1889 года, учреждавший должность мирового судьи в русском поселении в Чарджоу. В юрисдикцию этого судьи, подчинявшемуся суду Самаркандской области, входили «все уголовные преступления и правонарушения, совершенные русскими подданными в ханстве Бухара, и все гражданские дела между русскими подданными, живущими в этом ханстве». В его обязанности входило расследование преступлений, жертвами которых были русские, а личность виновной стороны оставалась неизвестной. Если в ходе расследования выяснялось, что виновным являлся местный житель, дело передавалось политическому агенту для разбирательства в бухарских судах. Дела о завещаниях и опеке тоже отходили к мировому судье. Новый закон передавал ему все юридические функции политического агента без расширения сферы русской юрисдикции в Бухаре. Таким образом, уголовные преступления, совершенные бухарцами в отношении русских, оставались в юрисдикции бухарских судов.