Несмотря на то что производство хлопка однозначно являлось доминирующим, в начале XX века в Бухаре появился ряд других небольших производств. К 1913 году в ханстве имелось 24 промышленных предприятия, не связанных с производством хлопка, включая винодельню в Каракуле, несколько сигаретных фабрик, спичечную фабрику, мыловарню и типографию в Новой Бухаре; шерстопрядильную фабрику и кирпичный завод в Чарджоу и мукомольную фабрику в Керки. Нефтехранилища в Новой Бухаре, Чарджоу, Керки, Термезе и Сарае обслуживались представителями Нобеля, а железнодорожными и корабельными мастерскими в Чарджоу управляло русское правительство.
Промышленное развитие Хивы было схоже с бухарским и в первые 15 лет даже шло в ногу с ним. Первая паровая хлопкоочистительная фабрика открылась в Ургенче в 1889 году, и на рубеже веков их стало девять, шестью из которых владели русские. В 1908 году там было 11 паровых хлопкоочистительных фабрик: четыре в Ургенче, три в Ташаузе и по одной в Хиве, Ханки, Гурлене и Мангите. В течение следующих пяти лет были построены еще две фабрики – в Ургенче и Ханки. К 1913 году местным жителям принадлежали только две фабрики. Из других промышленных предприятий в ханстве в 1913 году имелись только две принадлежавшие русским сыромятни – одна в Ургенче, другая в Ханки.
И в Бухаре, и в Хиве новые фабрики принадлежали преимущественно русским, а управление и квалифицированная рабочая сила были русскими полностью. Неквалифицированная рабочая сила в обоих ханствах, напротив, нанималась из местных жителей. Общее число рабочих в Бухаре в 1905 году оценивалось примерно в 1300 человек, а в Хиве в 1917-м – в 400–500. Фабрики, как правило, были маленькими, и число рабочих составляло не более 30 человек. В 1908 году граф Пален оценивал фабрики в протекторатах в высшей степени критически. Он утверждал, что большинство из них построены, оборудованы и управляются без соблюдения требований технических регламентов, гигиены и безопасности. Паровые котлы устанавливались без тестирования, рабочим не предоставлялись практически никакие меры первой помощи, а их отношения с работодателями формально не были урегулированы. Из-за этого при возникновении проблем и рабочие, и хозяева постоянно требовали вмешательства государственного инженера из Самаркандской области. Пален рекомендовал распространить на Бухару и Хиву практику фабричных инспекций, учрежденных в генерал-губернаторстве в 1895 году, однако сомнительно, что его предложениям кто-нибудь следовал.
Помимо чисто промышленных предприятий, русские активно, хотя обычно безуспешно, занимались поисками и добычей золота в горах Восточной Бухары. 24 февраля 1894 года без оглядки на автономию Бухары генерал-губернатор Туркестана одобрил правила, жестко контролирующие разведку и добычу золота, которые запрещали всем иностранцам заниматься этой деятельностью и предписывали все добытое золото продавать бухарскому правительству. С 1896 по 1917 год правительство эмира выдало русским золотоискателям 36 концессий, большая часть которых так и не была задействована. Самым первым и самым упорным золотоискателем был горный инженер Журавко-Покорский, чьи разработки к востоку от Бальджуана вблизи Ховалинга, начавшиеся в 1894 году, так и не стали прибыльными, но постоянно служили причиной его столкновений с местными властями, которые хотели защитить (а на самом деле эксплуатировать) местных золотоискателей. В 1903 году Журавко-Покорский обратился к политическому агенту за защитой от беков Бальджуана и Гиссара. Для выяснения обстоятельств был направлен секретарь политического агентства барон А.А. Черкасов. В его докладе от 10 ноября 1906 года Покорский обвинялся в том, что он недоплачивал своим работникам, не возвращал долги бухарцам, вмешивался в работу местной бухарской администрации, запугивал ее и передавал свою концессию в субаренду австрийцам, что угрожало подрывом русской политики в отношении Бухары. После того как Журавко-Покорский получил отказ в предоставлении иностранного капитала, был вынужден заплатить по долгам и поднять зарплаты, его предприятие разорилось, а в 1910 году он скончался. Его методы слишком сильно расходились с русской политикой невмешательства во внутренние дела протекторатов.
Русский капитал в Бухаре