С февраля 1906 года В.Ю. Скалой принимал деятельное участие в формировании «центристского течения» в русском либерализме начала XX века. Уже в середине марта 1906 года он возглавил московское отделение Партии демократических реформ (ПДР), инициаторами образования которой в Петербурге стали его давние единомышленники из круга «Вестника Европы» – К.К. Арсеньев и А.С. Посников. Ядро партии в Москве, наряду со Скалоном, составили представители разных сословий и родов занятий, неравнодушные к судьбе страны и имевшие собственное представление о ее развитии на путях прогресса. По сведениям «Голоса Москвы», московское отделение ПДР в сентябре 1907 года насчитывало около 100 человек.
В начале апреля 1906 года, в преддверии работы первого в истории России народного представительства, В.Ю. Скалой в письме к сыну Николаю, юристу, кандидату прав, делился тревожным предчувствием: «Хотелось бы думать, что Государственной думе удастся дать надлежащее направление аграрному вопросу и успокоить народное волнение; но предвидеть что-либо хотя бы с некоторой вероятностью – невозможно. Кадеты шумно празднуют свою победу, но как бы их ликования не оказались преждевременными: выборы еще не закончены, и перед нами огромный икс в лице крестьян, которым в Думе будет принадлежать большое влияние. К сожалению, о том, что думает „мужик“, мы ничего не знаем».
Можно только догадываться о тягостном впечатлении, произведенном на Скалона роспуском I Думы. Представляется, что во многом он разделял в ту пору переживания А.А. Лопухина, бывшего директора Департамента полиции, с которым его связывали доверительные отношения. «Настроение, конечно, отвратительное, ибо помимо всех ужасов, которые происходят у всех на глазах и которые правительство рассматривает как признаки „относительного спокойствия“ (по выражению Столыпина), все с тревогой видят наглядный рост революции и реакции за счет либерализма; явление тем более грозное, что оно усиливается не по дням, а по часам агитацией правительственных органов в пользу реакции, что естественно увеличивает революционное настроение, – делился Лопухин в письме к Скалону (и августа 1906 года) своими наблюдениями за текущими событиями. – Нельзя себе представить, какие огромные деньги расходуются правительством на эту агитацию. Газеты напуганы больше, чем когда-либо, и поступаются не только тоном, но и сообщениями, чтобы уцелеть при чрезвычайной охране, более страшной и придирчивой, чем старая цензура, в некоторых случаях… погромы несомненно подготовляются в разных местах вновь при участии властей, а войска безобразничают больше, чем когда-либо. Министерство обо всем этом слышать не хочет».
В конце января 1907 года, за месяц до начала работы II Думы, А.А. Лопухин сообщил Скалону о реакции петербургской общественности «на последний циркуляр о невмешательстве администрации в выборы» и «новую теорию „доверия монарха к Думе“»: «Я еще не видел ни одного человека, который поверил бы искренности этого циркуляра: все убеждены, что рядом с ним издан конфиденциальный циркуляр, которым первый отменяется. Вот до чего правительство изолгалось: ни одному слову его никто не поверит».
Несмотря на общую гнетущую атмосферу в стране, В.Ю. Скалой, на своем веку уже переживший не одну «реакцию», не падал духом. Еще в пору деятельности I Думы он приветствовал усилия депутатов из числа так называемых беспартийных прогрессистов по объединению своих сторонников. Он был близок к деятелям Партии мирного обновления, являясь на протяжении 1906 – начала 1907 года участником встреч и совещаний лидеров «мирнообновленцев» и ПДР. Лично знакомый с графом Петром Александровичем Гейденом, Скалой не раз виделся с ним «по партийным делам».
Внезапная смерть 19 апреля 1907 года, в один из приездов в Москву, оборвала дела и замыслы В.Ю. Скалона. Коллеги и друзья, характеризуя его как «крупную силу и славного человека», выражали убежденность в том, что Скалой как «практический земец, земский публицист, ученый исследователь русского земства никогда не будет забыт в истории нашего времени».