Во время трехмесячного заключения Павел Долгоруков, как всегда, сохранял присутствие духа, надеясь, по-видимому, на правовое разрешение дела кадетских лидеров. В газете «Речь» он опубликовал открытое письмо народным комиссарам, в котором обосновывал незаконность ареста и рассчитывал, что созванное 5 января 1918 года Учредительное собрание обеспокоится судьбой содержащихся в крепости депутатов. Разгон собрания и жестокое убийство в Мариинской тюремной больнице Кокошкина и Шингарева не оставили места иллюзиям. Павел тяжело переживал известие о мученической смерти своих товарищей. Тогда же он принял решение выступить на процессе их убийц и публично заявить, что ответственность за содеянное должны нести в первую очередь те, кто подписал декрет 28 ноября и тем самым спровоцировал расправу, указав жертву «слепым, обманутым людям». Суд, впрочем, не состоялся, но было закрыто и дело самого Долгорукова. В конце февраля 1918 года он был освобожден.
Вернувшись в Москву, Долгоруков вновь включился в партийную жизнь: руководил организационной работой бюро ЦК партии кадетов, созывал его регулярные заседания. В тот период в партии развернулась острая дискуссия по вопросу выбора дальнейшего направления работы. Долгоруков подвергал резкой критике планы П.Н. Милюкова водворить порядок в стране с помощью немецкой армии. Он видел в германофильском курсе серьезную угрозу для политического авторитета партии, для ее внутренней целостности, настаивал на сохранении верности союзникам.
После майской партийной конференции 1918 года кадеты подверглись жестким репрессиям: в Москве был закрыт партийный клуб в Брюсовом переулке, около 60 партийцев были арестованы. Дворец Долгоруковых в Малом Знаменском переулке (за Музеем изобразительных искусств) трижды подвергался обыску. Отныне князь должен был вести полулегальное существование, ночуя у знакомых и часто меняя квартиры. Однако внушительная, дородная фигура князя, его величавая осанка, характерная окладистая борода чрезвычайно затрудняли маскировку внешности, да и сам князь не испытывал особого страха. Он не побоялся даже проникнуть в здание ВЧК на Лубянке, пытаясь разузнать что-либо о судьбе арестованных кадетов. Молодой красноармеец, стоявший на посту, был введен в заблуждение «начальственным видом» и поведением Павла. Он пропустил его безо всякого документа и также свободно позволил уйти.
Привыкнув к известному комфорту, упорядоченному образу жизни, Павел Долгоруков тем не менее спокойно переносил тяготы скитальчества. Собственно, с этого времени у него уже никогда не было своего дома. Многие его товарищи летом 1918 года потянулись на Юг, в расположение Добровольческой армии. Но Долгоруков решил остаться в Москве, хотя тучи над его головой сгущались; ясно было, что его пребывание на свободе – лишь вопрос времени. И все же Долгоруков считал, что его место в городе, пока московская партийная организация выполняет координирующие функции, сплачивает ряды кадетов, разъясняя путем переписки и личных контактов противоречия, возникшие в партии в связи с проблемой самоопределения. Позднее он утверждал, что «московское сидение» летом 1918 года спасло партию. Лишь в октябре, «когда Германия дрогнула» и «вопрос о немецкой ориентации потерял свою остроту и опасность», Долгоруков выехал из Москвы в Киев. Там он взял на себя ведение заседаний Центрального комитета, поскольку Милюков формально сложил с себя пост председателя ЦК.
Во имя достижения главной цели – победы над большевизмом и воссоздания «единой великой России» – Долгоруков считал абсолютно необходимым образование широкого межпартийного объединения, «долженствующего подпереть противобольшевистскую военную силу, дать точку приложения союзнической помощи и способствовать образованию русской государственности». Поэтому он много сил и энергии отдавал работе во Всероссийском национальном центре, созданном в мае 1918 года как объединение либеральных антибольшевистских сил во главе с кадетами.
С переездом Главного комитета Национального центра на Юг Долгоруков занял пост товарища его председателя, содействовал созданию новых отделений Центра. Он входил в комиссию пропаганды при Национальном центре и в этом качестве организовывал многочисленные собрания, выступал на них с докладами, основными лозунгами которых были призывы к всемерной поддержке Добровольческой армии и созданию объединенного антибольшевистского фронта государственно мыслящих общественных сил. Ради этого он предлагал в корне пересмотреть традиционные для политической жизни России правила межпартийного общения. Борьба политическая нужна, заявлял он, но «не острым концом копья, а тупым», «острие должно быть направлено против общего врага». Долгоруков клеймил принципы кружковщины, взаимной политической непримиримости, сведения «в столь грозное время» старых партийных счетов.