Комиссионная деятельность в Государственной думе имела своеобразные формы. Депутаты опаздывали, уходили раньше положенного, а то и вообще пропускали заседания, так что нередко они просто отменялись за отсутствием кворума: министры, товарищи министров, директора департаментов расходились по домам, лишь потеряв время в Таврическом дворце. Сами заседания протекали хаотично; редко какой-нибудь депутат, кроме докладчиков, был знаком с текстом обсуждаемого законопроекта; суждения выносили исходя из общих соображений. Имевшийся поначалу кворум мог отсутствовать в момент голосования. Тогда начинался лихорадочный поиск депутатов, которые прогуливались по Таврическому саду или же обедали в столовой. В то же время именно решение комиссии часто предопределяло позицию Думы в целом. Министр торговли и промышленности С.И. Тимашев вспоминал: «К весенней сессии пленум загромождался грудами законопроектов, и тогда начиналось не столько обсуждение, а скорее штемпелевание заключений комиссий, за исключением некоторых вопросов, на которых члены Думы останавливали внимание своих собратьев по соображениям политическим, ввиду острых спорных интересов или какой-нибудь личной подкладки».
Бюджетная комиссия занимала особое положение. Ее в III Думе называли «генеральной», а членов комиссии – уважительно – «бюджетниками». Состав был в высшей степени представительный: в комиссию вошли почти все лидеры фракций. И неслучайно среди депутатов и министров ходило выражение: «Государственная дума – это Алексеенко». Как писал впоследствии известный экономист и зять М.М. Алексеенко П.П. Мигулин, «действительно, права нижней палаты были до такой степени урезаны, что единственно серьезным, чем могла Дума воздействовать на правительство, определять политическую жизнь страны, влиять на ход ее экономической жизни, являлся государственный бюджет».
Депутат III Думы, октябрист А.В. Еропкин вспоминал, что «бюджетная комиссия, в сущности, держала в своих руках все нити думской работы, ибо почти все законопроекты из других комиссий представлялись на заключение бюджетной по вопросу об ассигновании средств из казны. А какие законы и какие меры могли обойтись без ассигнования?» Причем речь шла и о «закончиках», о так называемой законодательной «вермишели». Хотя, конечно, в центре внимания комиссии оставалась государственная роспись, иными словами, бюджет. Таким образом, сфера ответственности была чрезвычайно широка: за год здесь просматривалось значительно больше законопроектов, чем в какой-либо другой комиссии Государственной думы. Например, в период деятельности Думы третьего созыва «бюджетникам» передали 567 законопроектов на рассмотрение и 1245 – на заключение. За это время они разработали 514 докладов; только и законопроектов остались нерассмотренными, и лишь относительно 23 не было дано заключения. Для сравнения: в финансовую комиссию внесено 372 законопроекта, в итоге сделано 307 докладов (при этом 47 законопроектов не рассмотрены вовсе). Правда, бюджетная комиссия была и самой многочисленной: в нее входило шестьдесят шесть депутатов. Однако обычно лишь треть принимала активное участие в работе.
Перед Михаилом Мартыновичем стояла нелегкая задача: наладить в этих условиях четкое функционирование комиссии. По словам А.В. Еропкина, «профессор Алексеенко был идеальным председателем и вынес всю эту работу (бюджетной комиссии. – КС.) на своих плечах. Я должен откровенно признать, что без профессора Алексеенко Государственная дума ни в каком случае не справилась бы с бюджетом, как, например, она не справилась с отчетами Государственного контроля, которые Дума ни разу не рассматривала».
В отличие от прочих думских комиссий, бюджетная заседала практически круглый год. Причем председатель отсутствовал в чрезвычайно редких случаях. Особенно интенсивной была работа с февраля по июнь каждого года. В июне заседания «бюджетников» начинались в и утра и продолжались, чаще всего без обеденного перерыва, до 2–3 часов ночи. Иногда члены комиссии расходились и в 5 часов утра. М.М. Алексеенко внимательно следил за ходом дискуссии, порой направляя ее, отмечал ошибки ораторов. Он стремился не допускать увеличения государственных расходов, так как это, по его мнению, могло привести к расстройству финансов России. Бюджет, в значительной мере под влиянием Алексеенко, качественно изменился: председатель комиссии требовал обоснования каждой цифры. При этом он упорно боролся и с излишней «скаредностью» Министерства финансов. С его точки зрения, в бюджете должны быть четко определены приоритеты, которые предполагали особое, целевое финансирование образования, путей сообщений, объектов промышленности.