В 1900 году на губернаторском посту А. Д. Горемыкина сменил А.И. Пантелеев, который прежде был товарищем (заместителем) министра внутренних дел и руководил жандармами. Это принципиально изменило дело, и Александр Александрович практически сразу подал в отставку. Друзья собрали по подписке 325 рублей на устройство прощального обеда в его честь. Но Корнилов от банкета отказался, попросив передать деньги библиотеке, что и было затем закреплено решением городской думы. В своих «Воспоминаниях» он пишет: «Когда я приехал в Сибирь, я думал в ней остаться года три, не больше, а прожил целых семь лет. Семь лет в возрасте от 31 до 38 лет – большое дело! Но об этом я не жалел. Это были годы быстрого роста Сибири; прошедший через Сибирь железнодорожный путь сильно перевернул все занятия ее жителей. Мощное переселенческое движение в короткое время почти удвоило население Сибири, а проведенные в ней реформы – земельная и судебная – дали Сибири порядочных русских людей в большом числе. В прежнее время сибиряк, кончавший курс в университете, не возвращался в Сибирь, а теперь многие из чиновников были из сибиряков с высшим образованием. Русские люди, приезжавшие на службу в Сибирь, приезжали прежде главным образом нажиться и назывались „навозными“. Это было очень характерно. Теперь русские чиновники в Сибири, служащие по судебному или земельному ведомству, отнюдь к этому не подойдут. Прожив в Сибири семь лет, я чувствовал, что пустил корни и что расстаться с Сибирью мне не так легко… Я чувствовал, что принес пользу Сибири, насколько вообще мы можем принести ее».
После возвращения в Санкт-Петербург на имя Корнилова стали приходить из Иркутска письма: предлагали выступить на выборах в городские головы, стать редактором «Восточного обозрения». В свою очередь, начальник переселенческого управления Министерства внутренних дел А.В. Кривошеин предложил ему должность чиновника по особым поручениям при министре. Открывающиеся перспективы работы с земствами (надо было держать связь с собраниями тех губерний, из которых шли переселенцы) заинтересовали Корнилова, и он было согласился…
Но 4 марта 1901 года полицейские нагайками разогнали мирную манифестацию молодежи у Казанского собора. Участвовавший в ней Корнилов стал одним из инициаторов написания протестного письма, которое опубликовали несколько иностранных газет. Последовал арест: Александр Александрович отсидел двадцать дней в одиночной тюремной камере, затем был выпущен с подпиской о невыезде. Решением министра внутренних дел ему воспрещалось жить в столичных губерниях и университетских городах. Тогда он принял предложение из Саратова, где известный либеральный земский деятель Н.Н. Львов приобрел газету «Саратовский дневник» и подыскивал сильного редактора. Фактически под руководством Львова, блестящего знатока аграрного вопроса, в городе сложился своеобразный научно-издательский центр по проблемам реформаторства в этой сфере (именно в Саратове, например, впервые издали знаменитую «Вымирающую деревню» молодого тогда А.И. Шингарева – будущего кадетского лидера, а потом и министра Временного правительства).
«Саратовский дневник» просуществовал недолго. В середине 1902 года губернские власти приостановили издание и предписали Львову кардинально переменить состав редакции. Лишившись журналистского заработка, Корнилов, не без влияния того же Львова, возвращается к научной работе. Он пишет ряд работ по истории крестьянской реформы, общественному движению в эпоху Александра II, истории декабристского движения. В 1904-м, получив наконец свободу передвижения, Корнилов посещает столицы, а затем уезжает в Париж к П.Б. Струве – помогать в редактировании оппозиционного неподцензурного журнала «Освобождение».
В это время у Тали обострился туберкулез, и ее поместили в швейцарскую клинику. Несколько месяцев спустя она скончалась. Наталью Антиповну похоронили по православному обряду (был приглашен русский священник из Берна) на кладбище в Террите, с которого открывается прекрасный вид на Женевское озеро…