Московское земство и городское самоуправление имели в своем составе ярких прогрессивных гласных, благодаря которым Москва шла в авангарде оппозиционного движения в России. Челноков наряду с Н.И. Астровым, Н.М. Кишкиным, Н.Н. Щепкиным и др. руководил их работой. Он был, кроме того, одним из тех либеральных деятелей, которые стояли у истоков земской оппозиции, проявившейся в земско-городских съездах 1902–1905 годов. В феврале 1901-го Челноков – в числе двадцати шести земцев, собравшихся на аграрный съезд и высказавшихся за создание представительного органа. Вошел он и в бюро земских съездов – координационный орган земского движения. На майском (1902) съезде Челноков отсутствовал – лечился за границей. Поэтому его миновало «высочайшее неудовольствие», выраженное самодержцем участникам съезда. Более того, в январе 1903 года его пригласили на одно из совещаний в МВД (по ветеринарному делу); В.К. Плеве встретился с ним до совещания и заверил, что «умаления прав земств» не будет.
Но конфликты между земско-городским самоуправлением и властью продолжались. 7 мая 1904 года князь Г.Е. Львов, уезжая на фронт как глава Общеземской организации, которая осуществляла помощь больным и раненым воинам, писал Челнокову: «Шлю привет московской управе. Помоги Вам Бог выйти с победой из духовной борьбы и жесткой осады не только во имя местных интересов, но ради нравственного подкрепления упадающего духом земства». В это время Михаил Васильевич – одна из ключевых фигур в Общеземской организации. Земские санитарные отряды были, в сущности, его детищем.
Неудивительно, что уже в самом начале XX столетия Челноков представал в глазах современников, как писал ему князь Е.Н. Трубецкой, «знающим и способным земским деятелем». И как таковой он хорошо видел, что происходит в стране; особую тревогу у него вызывал проникающий в деревню «анархизм». Но и как городского деятеля бурные события начала века тревожили его не меньше. Японская война, всеобщая забастовка, «ужасы вооруженного восстания» прервали на время поступательный ход городского хозяйства. «В мирную жизнь городских учреждений, – писал Челноков, – ворвалась политика и принесла расколы, раздоры, разделы. Закипели страсти». Во время всеобщей забастовки 1905 года городская управа вроде бы совсем отстранилась от дела. Создалось подобие исполнительного органа, ее заменяющего, в составе А.И. Гучкова, М.Я. Герценштейна, В.Ф. Малинина, М.В. Челнокова, Н.Н. Щепкина. Этой комиссии удалось кое-что сделать для восстановления порядка, в частности наладить работу водопровода, что весьма подорвало энергию забастовщиков.
Челноков – активный деятель начавшегося партийного строительства и политической борьбы в городской думе и на земско-городских съездах. В составе соединенной комиссии участвует в выработке партийной платформы и подготовке съезда конституционных демократов. Тогда он вместе с рядом своих единомышленников находил, что главным в партийной работе должна стать подготовка к выборам в «булыгинскую» – законосовещательную – думу. Так, уже в период организационного оформления кадетской партии он оказался на правом ее фланге.
Внучка автора знаменитой триады «самодержавие, православие, народность» графиня Е. Уварова, с которой Челнокова связывали узы дружбы, в письме от I октября 1905 года укоряла его, что он становится «ужасно партийным человеком», не жалея сил занимающимся множеством дел – от «высшей политики» до борьбы с голодом. Действительно, Михаил Васильевич работал не покладая рук (совещание общественных деятелей по выработке избирательного закона в октябре 1905 года, Общеземская организация, органы местного самоуправления). После опубликования Манифеста 17 октября Е. Уварова задает ему вопрос: «Лично Вы удовлетворены ли конституцией или Вы увлечены общим порывом и Вам начинает улыбаться демократическая республика или что-нибудь еще левее?» Челноков «конституцией» был удовлетворен и в «республиканцы» не рвался. Он верил в лучшее будущее России и считал, что в освободительном движении благородны стремления, порывы и само дело. Подтверждением этой веры в будущее страны служат его хлопоты по покупке имения в самый разгар революции 1905 года, когда уже начались знаменитые «иллюминации» помещичьих имений и их хозяева в панике покидали свои дворянские гнезда.
День открытия I Государственной думы он считал историческим. Ему, как и многим тогда в России, верилось, что созыв Думы – это начало новой эры в истории России. На выборах он баллотировался от кадетской партии. Однако не прошел: как кадет он был неприемлем для октябристского большинства избирателей московской губернии – предпринимателей и землевладельцев, напуганных эксцессами революции.