То, что М.В. Челноков считал тогда компромисс Думы с правительством Столыпина вполне достижимым, явствует и из его переписки с женой. В мае 1907 года она сообщала: «Сейчас пришло письмо от 21-го. Первую твою беседу со Столыпиным я уже отправила Дм. Ник. <Шипову>. 2-ю (от 21-го) посылаю ему почтой. У меня такое впечатление, что пойдут на уступки. Была бы Дума во всеоружии разума и единения… Я понимаю, – продолжала она, – что Столыпин пойдет на отчуждение, но с условием, что оно не будет провозглашено как принцип для повсеместного проведения. Здесь, конечно, ходят самые мрачные слухи. Якушкин (видный член кадетской партии. –
Челноков очень хотел того же. Но настроение «его друга» (как называл Столыпина в письме к Челнокову князь Г.Е. Львов) в отношении судьбы Думы переменилось, и, по словам Маклакова, «неожиданно подкралась развязка». Столыпин потребовал у Думы согласия на арест шестнадцати социал-демократов и устранения из нее других пятидесяти пяти членов социал-демократической фракции. Но пока в комиссии Думы шли дебаты об этом деле, закулисные переговоры со Столыпиным с целью повлиять на него и спасти Думу не прекращались. Маклаков, Струве и Булгаков поручили Челнокову устроить их встречу со Столыпиным, который и принял всех в Елагинском дворце поздним вечером 2 июня 1907 года. В ходе беседы с премьером выяснилось, что камень преткновения в отношениях Думы и правительства – аграрный вопрос. На нем, по мнению Столыпина, «конфликт неизбежен». Председатель Совета министров вновь заявил и о необходимости устранить из Думы социал-демократов. Но, как считали его собеседники, требование выдачи социал-демократов предъявлялось в такой острой и преувеличенной форме, что принять его Дума не сможет. «Ну, тогда делать нечего, – сказал Столыпин и добавил: – Только запомните, что я вам скажу: это вы сейчас распустили Думу». Столыпин, конечно, лукавил: он уже получил категорическое требование царя распустить Думу. Маклаков так комментировал эту фразу Столыпина: «Дальше говорить было не о чем». Только Челноков осведомился, будет ли он завтра допущен в помещение Думы – там у него вещи. Столыпин улыбнулся: «Ведь вы же не собираетесь в Выборг. С вами будет все по-хорошему. – И закончил неожиданной любезностью: – Желаю с вами всеми встретиться в 3-й Думе. Мое единственное приятное впечатление от II-й Думы – это знакомство с вами».
На кадетском Олимпе просочившиеся в печать сообщения о ночной поездке «четверки» вызвали такое негодование против визитеров, что Маклаков заявил П.Н. Милюкову о своем выходе из партии. Тот сумел уговорить Маклакова остаться, но возмущенное отношение многих кадетских лидеров к этой поездке сохранялось долго.
Если II Дума просуществовала всего сто три дня, то III – весь пятилетний срок. Челноков был избран в нее от Москвы. Кадетская фракция и прогрессисты выставили его кандидатуру на избрание в товарищи секретаря Думы. Челноков отказался: не хотел в резко поправевшей Думе (в связи с изменением избирательного закона 3 июня 1907 года) оказаться под началом правого секретаря. Многие думские либералы сожалели об этом: в качестве помощника секретаря Челноков мог участвовать в совещании Думы, что облегчило бы борьбу ее председателя Н.А. Хомякова с правыми течениями.
В III Думе и вне ее Челноков был близок к прогрессистам. Они постоянно приглашали его на свои собрания. Многих лидеров только складывающейся партии он давно знал лично и, в свою очередь, имел у них авторитет. Известный московский промышленник С.И. Четвериков писал ему еще в январе 1907 года: «Меня тронула Ваша вера в чистоту и устойчивость моих конституционных убеждений». Наряду с Четвериковым, А.И. Коноваловым, братьями Рябушинскими и др. прогрессивными предпринимателями Челноков участвует в начавшихся в 1908 году «экономических беседах» с учеными. Здесь обсуждался широкий круг экономических социальных и политических вопросов.