Я.В. Глинка, одиннадцать лет фактически возглавлявший думскую канцелярию, со знанием дела судил о реальном положении дел в руководстве II Думы: «Всем ворочал Челноков. Головин был марионеткой в его руках. Усы кверху а-ля Вильгельм, всегда улыбающийся самодовольный вид. „Подскажите ему, – обращался ко мне Челноков, – чтоб он не сел в лужу“… „Издайте закон“, – говорил он мне, если ему надо было сделать распоряжение по канцелярии. Челноков действительно развил бурную деятельность в качестве секретаря Думы. Причем его желание быть независимым от государственных чиновников в деле управления канцелярией заставляло его ускорить составление ее штатов, которые и были внесены им в Думу всего через месяц после ее открытия». Челноков старался и сам подбирать служащих канцелярии. Например, вызвал в Петербург Н.И. Астрова, имевшего богатый опыт секретарства в Московской городской думе.
Михаил Васильевич оставил след в истории II Думы и участвуя в переговорах кадетов (П.Б. Струве, В.А. Маклаков, Н.С. Булгаков, М.В. Челноков) со Столыпиным. Эти члены кадетской фракции пытались воздействовать на премьер-министра, чтобы предотвратить роспуск Думы и наладить ее сотрудничество с правительством. Как вспоминал Ф.А. Головин, Столыпин тоже «искал разговоров» с кадетами. По мнению В.А. Маклакова, хотя сохранить Думу при ее левом партийном составе было трудной задачей и она считалась обреченной с момента избрания, «все-таки Столыпин ее защищал даже тогда, когда этим компрометировал себя в глазах Государя», защищал «долго и упорно». А потому и обратился к представителям ее наиболее многочисленной фракции и, прежде всего, к председателю Думы Ф.А. Головину. Тот отослал его к Челнокову, который старался содействовать сближению Столыпина и с другими кадетскими депутатами, в частности с Н.В. Тесленко и И.В. Гессеном.
М.В. Челноков, в отличие от большинства политиков того времени, был склонен верить в работоспособность II Думы. Г.Е. Львов, хорошо знавший «думские» настроения Челнокова, писал ему в марте 1907 года: «Что же Думу не разгонят, будет и поработаете? Что-то не чается. Дай Вам Бог и поможет вам Бог». В апреле жена Челнокова желала ему и Думе «найти верный и надежный путь». В.А. Маклаков вспоминал, что в конце апреля или в начале мая, когда Челноков в очередной раз повидал Столыпина, он пришел к своим единомышленникам озабоченный и передал им, что тот «помешался на аграрном вопросе». Столыпин сказал тогда Челнокову: «Прежде я только думал, что спасение России в ликвидации общины; теперь я это знаю наверно. Без этого никакая конституция в России пользы не сделает». Челноков прибавил от себя: «Когда Столыпин наделает своих „черносотенных мужичков“, он будет готов им дать какие угодно права и свободы». В таком толковании, по мнению Маклакова, была доля правды. Но Челноков сообщил и другое: «Столыпин встревожен таинственными работами аграрной комиссии, куда представители министерства не приглашались; он боится, что комиссия ему готовит сюрприз. Вдруг она его аграрные законы по 87-й ст. отвергнет? Этого он не допустит. Дума тогда будет распущена». Об этом он заранее и предупреждал Челнокова.
И Челноков, и Маклаков полагали в то время, что у кадетов здесь действительно слабое место. Аграрные законопроекты Столыпина противоречили аграрным программам не только социалистических партий, но и кадетов. Вотум Думы мог отнять силу у этих законов. Столыпин этого ждать не хотел. Роспуска же Думы на аграрном вопросе правительство не могло допустить, ибо опасалось крестьянства. Челноков, Маклаков, Струве и Булгаков устроили совещание, чтобы обсудить, на какой почве может быть найден компромисс. Они ясно понимали: надо склонить Думу не отвергать законов с порога, а перейти к их постатейному чтению. Маклаков вспоминал: «С этим Челноков и поехал к Столыпину. Он вернулся совсем успокоенный. Большего, чем переход к постатейному чтению для своих законов, Столыпин пока не ждет. Потом сговоримся. И Столыпин тут же решил – и об этом сказал Челнокову – выступить в Думе с принципиальной речью об аграрном вопросе». Он это и сделал.
Маклакову представлялось, что Столыпин изложил в ней «свое кредо либерала и западника». Когда же он сказал: «Обязательное отчуждение действительно может явиться необходимым, но, господа, в виде исключения, а не общего правила, и обставленного ясными точными гарантиями закона», Челноков и Маклаков переглянулись. Его слова казались им ответом на то, что им требовалось. Признание принципа принудительного отчуждения хотя бы и в небольшом масштабе, упоминание о нем в законопроектах, которые Столыпин не замедлит представить, давали, по их мнению, возможность Думе перейти к постатейному чтению. Хотя это и был вызов аграрным планам левого большинства, речь все же давала просвет. Они полагали, что в нужный момент им на помощь пришло бы общее нежелание роспуска Думы, готовность пойти на компромисс при соблюдении партийной программы. Столыпин, отмечал Маклаков, «облегчил нам эту задачу».