При всей востребованности его на всероссийском уровне, Челноков продолжал активно работать и в органах местного самоуправления. В условиях поправения московского земства, выразившегося и в том, что председателем губернской управы стал Н.Ф. Рихтер (при его избрании Челноков демонстративно покинул собрание), обсуждение самых обычных, рутинных вопросов перерастало в настоящие баталии. Губернатору даже казалось, что Челноков «всегда старался внести во всякое собрание агитационный характер и лягнуть администрацию», не щадя и персону губернатора.
Столкновения происходили и в городской думе. 2 января 1908 года состоялись выборы московского городского головы. Баллотировались октябрист Николай Иванович Гучков и Челноков. Как десятилетия спустя вспоминал Михаил Васильевич о своем оппоненте, «это был единственный кандидат, имевший возможность собрать большинство и вполне подготовленный к предстоящей работе». Правда, подавляющего преимущества при баллотировке у Н.И. Гучкова все же не оказалось: он победил 73 голосами против 65. По деловым качествам Челноков, конечно же, не уступал; его высокопрофессиональная деятельность в различных сферах городского и земского самоуправления (финансы, школьное дело, вопросы здравоохранения и пр.) – яркое тому свидетельство. Но доминировавшее тогда в избирательной среде «октябристское» настроение принесло победу Н.И. Гучкову – брату А.И. Гучкова, вождя «Союза 17 октября».
В III Государственной думе М.В. Челноков был членом многих комиссий, от которых затем выступал докладчиком: по городским делам (зам. председателя), финансовой, бюджетной, по местному самоуправлению, по торговле и промышленности, по мерам к охранению древности и т. д. Вошел он и в Торгово-промышленную группу, состоявшую из членов Думы и Государственного совета; кадетов в ней представлял только он.
На выборах в IV Думу в Москве сенсацией стал провал А.И. Гучкова. Настроение изменилось: «цензовый элемент» полевел и предпочел лидеру октябристов правого кадета М.В. Челнокова, который и был избран от первой курии 18 октября 1912 года. В Думе Челноков снова вошел в кадетскую фракцию и представлял ее в ряде комиссий (по торговле и промышленности, по военным и морским делам), а от бюджетной выступал докладчиком.
Тогда в кадетской фракции разгорелась полемика об участии ее членов в работе думской комиссии по военно-морским делам. При выборах в нее правооктябристское большинство провалило всех представителей оппозиционных фракций, в том числе и кадетской вместе с ее вождем Милюковым. Единственным кандидатом, который допускался в комиссию, стал Челноков. Милюков сделал заявление: в комиссию войдут все представители демократических элементов страны – или не войдет никто. Челноков считал это ошибкой, хотя и подчинился партийной дисциплине. Однако он принял предложение прогрессистов баллотироваться в комиссию от их фракции. Милюков возражал и против этого варианта. Челноков апеллировал к Московскому отделу ЦК. Тот рекомендовал Милюкову «тем или иным способом» провести Челнокова в комиссию. Милюков стоял на своем, но фракция кадетов дала добро. Милюков, обнаружив «бунт на корабле», пошел ва-банк: отказался от председательства во фракции. Челноков не выдержал этой «психической атаки» и отступил: все-таки «погоды» во фракции он не делал, и близким ему по правокадетскому духу был лишь В.А. Маклаков.
В разгар этой борьбы жена Челнокова писала ему (12 февраля 1913 года): «Казалось, что, может быть, Милюков и К° вызывают осуждение и назревает новое настроение. Очевидно, ничего подобного нет, ты нигде не встречаешь поддержки, везде узость, и дальше партийности никто не смотрит. Я думаю, дела твои с к.д. очень плохи и непоправимы… Вчера я ходила к Маклакову узнать, как он смотрит на все твое дело, – ведь он умен и видит под землей… Он находит, что ты не должен был уходить из обороны… Теперь он полагает, что ты потерял позиции, что идти от прогрессистов представляет известный риск. Ты опять можешь быть не выбран. Но если бы удалось, то, по его мнению, это был бы хороший урок кадетам. Красивее, цельнее для тебя не сдаваться, не капитулировать. Если бы он мог, он сам бы ушел от к. д…но его положение избранника второй курии не позволяет. Мне кажется, у тебя нет друзей в Думе… Ты не выступил прямо и напролом из соображений корректности и уважения к партии, с которой ты столько времени был связан… Маклаков ненавидит кадет и сердится, что ты сплоховал, – надо бы их разом да побольнее ударить – ты мог это сделать и не сделал. Ему досадно на тебя». На следующий день она писала: «Ты и кадеты… не можете быть вместе. Даже если бы они и согласились на твои требования, старые связки разорваны». Подливало масла в огонь и то, что левые кадеты в ЦК стремились вывести из партии Челнокова, Маклакова и Струве, предлагая им даже в сентябре 1913 года создать свою «национально-либеральную партию». Правда, по мнению лидера партии П.Н. Милюкова, Челноков «все же в целом шел в русле партийной политики».