Организация и работа складов, санитарных поездов, врачебно-питательных отрядов, лазаретов, лабораторий, больниц, питательных пунктов, бань, прачечных, дезинфекционных камер, мастерских, помощь беженцам и многое другое – в этой стихии Челноков чувствовал себя как рыба в воде. Во многом благодаря его деловой хватке, энергии и уму ВСГ сыграл огромную роль в деле помощи больным и раненым воинам, в мобилизации военных усилий страны, а Москва с честью выдержала все испытания военного времени. И это при том, что власти постоянно чинили препоны работе Союза. Уже в эмиграции Челноков с юмором вспоминал некоторые эпизоды. Его старый знакомый В.Н. Челищев записал эти «реминисценции»: «Живо и картинно рассказывал Михаил Васильевич о своих посещениях председателя Совета министров И.Л. Горемыкина, чтобы осведомить его о положении, в котором находится армия, страдающая от недостатка снаряжения. И.Л. Горемыкин с закрытыми глазами сосал свою сигару, а когда рассказ Михаила Васильевича дошел до конца, старик открыл свои белые глаза и спросил, как рассказчику нравится обстановка в новом доме председателя Совета министров, и начал, со своей стороны, рассказывать о том, с каким трудом ему удалось эту обстановку собрать. Выслушав рассказ Горемыкина, Михаил Васильевич вновь начинает свое повествование, и старик опять дремлет. Кончил М.В., старик, оживившись, спрашивает, знаком ли он с его женой, и, не дождавшись ответа, вызывает дежурного чиновника и приказывает ему проводить М.В. на прием к жене. А после приема у супруги председателя Совета министров оказывается, что сей последний уехал на какое-то заседание. Едет М.В. к военному министру Сухомлинову, рассказывает ему то же. Сухомлинов все рассказанное отрицает: всего вдоволь, недостатка ни в чем нет. Мало того, выдвигается тема такого содержания: „Все хулят и корят правительство. Бывают действительно промахи. Но… промахи зачастую спасительный Военный министр достает из письменного стола карту и план Осовецкой крепости с отмеченными на укреплениях точками поражения от неприятельских снарядов и торжественно заявляет: „Если бы укрепления были построены из доброкачественного цемента, то они давно были бы разрушены снарядами, ибо крепкий бетон разлетается на части. Атак как вместо цемента клали песочек, то снаряды в него зарываются и не рвутся!“ Мораль была ясна: от злоупотреблений одна польза и т. д.»
И хотя бюрократия, власть часто и вовсе отказывали в ассигнованиях ВСГ, Челноков весь ушел в практическую работу. Бывший московский городской голова князь В.М. Голицын в январе 1915 года отметил в своем дневнике: «Был у Челнокова в Думе – он водворился в моем кабинете… Челноков мне очень понравился: он вошел в роль и приемы очень хороши». И ранее князь писал в дневнике, что «общественные организации действуют превосходно, а московское городское управление блестяще».
В первый военный год Челноков считал, что ВСГ должен стоять вне политики. Но чем дальше, тем многообразнее и масштабнее становилась работа Союза в тылу и на фронте. И уже на второй год войны, как следствие череды поражений, растущей разрухи и дороговизны, политика буквально ворвалась в работу Союза. Особенно памятен Челнокову стал съезд Союза по экономическим вопросам, связанным с дороговизной и снабжением армии. Этот съезд, состоявшийся 11–13 июля 1915 года, по определению генерала В.Ф. Джунковского, «далеко уклонился в сторону от прямых своих задач и посвятил большую часть времени на политические темы, до изменения государственного строя включительно». Джунковский писал, что, хотя председатель съезда Челноков отнюдь не являлся сторонником резких выступлений, «противостоять общему, в этом именно направлении, течению не мог». Как свидетельствует участник И.И. Серебрянников, съезд действительно представлял собой «бурный политический митинг», в котором яростно порицалось правительство за его неумение справиться с выпавшими на его долю задачами по укреплению нашего фронта и внутреннего единства. Со своей стороны, власти окончательно сочли ВСГ «опаснейшим явлением политической жизни страны», бастионом антиправительственной оппозиции. Правые еще больше сгущали краски: «Челноковы и Кº являются во главе движения, и они власть…»
Тем не менее М.В. Челноков и на сентябрьском съезде ВСГ (1915) старался провести умеренную линию. Он не допустил участия представителей рабочих организаций, отклонил просьбу допустить на съезд лидеров левых фракций Государственной думы – Керенского и Чхеидзе. В своей речи он призвал общество «сохранять самообладание» и провозгласил необходимость неотложных мер для стабилизации страны: возобновление занятий Государственной думы и обновление правительства.